通观全书，这种写作过程是经过了三次重大变化的，具体是诀、说、图的三个阶段。
第一次，性命双修的口诀阶段，主要是师传身教。
《性命圭旨》元集主要是阐述性命双修的原理，亨、利、贞三集主要讲修炼的实践，具体三集中又各有侧重，其中隐藏着当初师徒口诀传授的部分，内容集中在各自口诀篇中，每集三篇，合为九篇，分别是：
1、亨集主要论述元气，讲炼精化气的过程：
第一节口诀，涵养本原救护命宝。
道教修炼，讲究口诀，“殊不知经中口诀自裁，大都秘母言子，不肯分开说破，使人凑泊不来。况多为譬辞隐语，使学者眩目惑心，以致中途退步。”此是第一节的说辞，本意是要人们突破口诀和偈句中的隐语内涵，阐述原理，直指用意。
口诀一中的关键词是“本原”和“命宝”，“本原”是人性命修炼的总根本，通指人体的“心”，为一“心”，观心之法，妙在“灵关”一窍；“命宝”指人身体中三“元”，为元精、元气、元神。其后有“退藏沐浴工夫”，讲元精化气的运行原理，元气穿“艮背”，通“玄膺”一窍，成就“玉液炼形法则”。
第二节口诀，安神祖窍翕聚先天。
口诀二主要讲“祖窍真际，举世罕知。不得师传，俨似暗中射垛，”“祖窍”居“穷取生身受气初，莫怪天机都泄尽，” （纯阳祖师云）其中奥秘是把元神安置其中，从而翕聚先天元气。元神自居其所，后有“FA轮自转工夫”，要求三元法转为混元，功效是润五行，通人体的五脏六腑。元精化元气，藏火性，气生火，藏水性，在“龙虎交媾法则”中，火性喻虎，火性喻龙，性命双修就要求“降龙”、“伏虎”，处于动态的平衡之中，言“翕聚”指守中抱一的工夫。
口诀一、二中的一心、三元、五行，通常指的是人身体中的三个层面，三种体态，“心”属第一层面，指人的灵质体；“元”属第二层面，指人的流质体；“行”属第三层面，指人的物质体。
按照中国传统哲学“阴阳”思想法则，人体中灵质体为纯阳；人体中物质体为纯阴；人体中流质体中先天为阳，后天为阴，人上承天际为阳，人下接地方为阴，元气在周天运行中，行督脉为后天，下阳脉为先天。
第三节口诀，蛰藏气穴众妙归根。
“口诀二言‘翕聚’，是守中抱一的工夫，口诀三言‘蛰藏’，则深根固蒂之口诀。翕聚蛰藏，本为表里。非翕聚则不能发散，非蛰藏亦不能发生，是此二节一贯而下，两不相离者也。此诀无它，只是将祖窍中凝聚那点神下藏于气穴之内。此穴有内外两窍，外窍喻桃杏之核，内窍譬核中之仁。”气穴行“伏气”之法，先天、后天互换互补，“此是胎息还元之初，众妙归根之始也”，后有行禅图、立禅图、坐禅图、卧禅图，是指行立坐卧，不离这个。
2、利集主要论述元精，讲炼气还神的过程：
第四节口诀，天人合发采药归壶。
“《道德经》云：‘窈兮冥兮，其中有精，其精甚真。’惟此真精，乃吾身中之真种子是也。以萁入于混沌，故名‘太极’；以其为一身造化之始，故名‘先天’；以其阴阳未分，故名‘一气’，又名‘黄芽 ’，又名‘玄珠’，又名‘真铅’，又名‘阳精’。”归为“元精”之实。
亨集讲元气的运行，元气穿“艮背”是运气的原理。利集则是讲元精的化合，元精化元气穿“艮背”，要有其后“聚火载金诀法”的四法——吸、舐、撮、闭四字。在“三元”流质体中，元神、元气、元精又分别代表三相，灵相、气相、物相，三相动作方式不同，三者的过程不同。
元精化元气，元气为后天之气，气运人之昆仑，承太阳之气化合先天之水，顺阳脉内润五脏，后络六腑之精，化合太阴之精。“天人合发”讲发生，指阴阳、先天和后天，“采药归壶”则是元精化元气、元气合元精的修炼过程，太阴之精为大药。
第五节口诀，乾坤交媾去矿留金。
口诀四中有“聚火载金诀法”，载“金”上昆仑，运至人之头顶。“此处乃玄中之玄，天中之一；郁罗萧台，玉山上京；脑血之琼房，魂精之玉室；百灵之命宅，津液之山源。”“乾坤交媾”即为天地、阴阳、先天后天的相合场所。“去矿留金”指元精化合金精的过程。《原道歌》云：妙运丹田须上下，须知本体合西东。几回笑指昆山上，夹脊分明有路通。
