《享集·退藏沐浴工夫》节内谓："欲通此窍，先要存想山根"（梅自强医师门径之说，正指此处）。学者读到此处，往往依书行事，得脑漏之症。昔汪师有一女弟子，未遇师时，依此下工，竟发癫成傻，此误人一也。
又曰："常操此心，退藏夹脊之窍，则天地正气，可扯而进。"若果依此下功，非得遗精不可，此误人之二也。
玉液炼形法则，尽抱着这臭皮囊做工夫，此与先天虚玄大道，究有何干。此误人之三也。
《安神祖窍》节内谓"人身乃小天地，心脐相去亦有八寸四分，而中心之中，适当一寸二分处。"此岂纯阳老祖所谓"玄牝玄牝真玄牝，不在心兮不在肾"之旨趣耶？若果凝神于此，非生痞块不止。此误人之四也。
列此四误，便知余数。试想，不列四图，何以知人身之要穴，何以明众窍之玄理，好比医生治病，不懂医理、不学医术，就能治好人的病吗。徐海印反对以色身立说，实际上是受佛教“顿悟成佛”的影响，轻“命”而重“性”的表现。
第二次，性命双修的理论阶段，主要是“三教合一”的理论说教。
性命双修的理论阶段，是《性命双修》成书的关键，它源于两个外在原因，一是将明代“心学”思想纳入道家的理论之中，二是澄清明代道教派别、功法混乱的局面，这些都与明代社会息息相关的，这里不作详细说明。
《性命双修》第二次重大变化，是在口诀阶段基础上，对亨、利、贞三集中第二层面的内容进行了补充、完善、润色和改造，集中突出佛、道、儒三教合一对性命双修的理论阐述；同时，在篇目上，除了九节口诀篇章外，增加与之对应的内容，如第一节里的“退藏淋浴工夫”、“玉液炼形法则”，第三节口诀中的“紫中道人答问”等。
除此之外，按照《易经》的元、亨、利、贞编排了全书大致规模，并在元集里，增加了大道理说和儒释道三教性命理说。
大道理说包括有大道说、性命说、死生说、邪正说；
儒教（应为儒家为宜）性命理说包括太极发挥、中心图说；
道教性命理说包括火龙水虎说、日乌月兔说、大小鼎炉说、内外二药说、顺逆直关说、尽性了命说、真土根心说、魂魄说、蟾光说、降龙说、伏虎说、三家相见说、和合四象说、取坎填离说、五气朝元说、待诏说、飞升说；
释教性命理说包括观音密咒说、九鼎炼心说、八识归元说。
《性命圭旨》的哲理性，集中表现在第二次的理论阶段，主要有道论、三教合一、性命双修、死与生等，列在“哲理性”加以阐述。
每三次，性命双修的图说阶段，主要是理说图文。
性命双修的图说阶段，主要是元、亨、利、贞四集之中理说和口诀的图示说明，总计54篇；加上后三集第三层面口诀、谒句的归集，这从后三集与元集口诀所占的比重统计分析，自然就很明白了。
书中之首“三圣图”，是全书性命双修的总纲，三教合一的主旨，“具大总持门若儒道释之度他皆从这里，能知真实际而天地人之自造自化只在此中。”“大总持门”指最大的总体修持的门径和方法；“真实际”就是真理，也即是“天人之际”；“自造自化”即是修炼自身而得以超脱的途径，也只在“此中”，在《性命圭旨》之中，在人的心之中。
《性命圭旨》刻于明代，相传为明歙县人黄应瑞所为，他是明代木刻版画名手，还刻有《大雅堂杂剧》、《朱枫林集》、《四声猿》、《晓采居印印》等。第三次的图文阶段应在此之前，在 “刻《性命圭旨》缘起”言明为丰干居士所为，故列其之以示说明：
里有吴思鸣氏，得《性命圭旨》于新安唐太史家，盖尹真人高第弟子所述也。藏之有年，一日出示丰干居士。居士见之悦之，谓其节次工夫，感臻玄妙，而绘图立论，尤见精工，诚玄门之秘典也，因相与公诸同志，欲予一言为引。
予即从事圣修，雅尚圆极一乘，不谈此道久矣。以其所操说者，无非为色身计也。色身有限，法性无边。夫安得大修行人以法界为身者，而与之谈性命哉！舍法界无性命，变无身心，如法圆修，真绍人天师种。彼以七尺为躯，一腔论心者，纵有修持，皆结业耳。于一超直入，无当焉。
