铅汞相拘，而小结丹矣。先天铅汞者，同类阴阳成戊土，戊土即外铅也。调停火候合己土，己土即内汞也。铅汞相见，而大还丹矣。”等等，表明李西月的所谓 “结丹”是指“后天”功夫，即炼己筑基，而“还丹”则是指“先天”功夫，即在阴阳双修的基础上，最后达至了性了命。陈樱宁在其《道窍谈·读者须知》第十条中，指出：“本书中画龙点睛之处，就是‘彼家’二字。……究竟‘彼家’二字是如何解释，颇有研究之余地。如谓‘彼家’是指肾中之气而言，则单炼心中之神者非矣；如谓‘彼家’是指身外之太虚而言，则执着肉体，在腔子里摸索者非矣；如谓‘彼家’是指同类异性者而言，则一己孤修、专事静坐者非矣。读者须于此等玄之又玄处着眼，方可谓头头是道。”该段描述对于我们理解李氏“结丹”、“还丹”说有一定帮助。
李氏对“结丹”、“还丹”的论述还不仅仅停留在比较描述的层次，他对二者还有更细致的刻划，这在《道窍谈·后天次序》、《后天串述》、《九层炼心》中均反映无余。
（四）“玄关一窍”之说，以及对内丹绝密之诀——“两孔穴法”的披露也是他丹道思想的一大特色。宋元以来，内丹家们在“玄关”问题上有过多种议论，不一而足，但其立论范围概未出于《金丹四百宗·序》中有关“玄关”描述的一段话：“此窍者，非心非肾，非口鼻也，非脾胃也，非谷道也，非膀胱也，非丹田也，非泥丸也。……夫此一窍，亦无边傍，更无内外，乃神气之根，虚无之谷，则在身中求之，不可求于他也。”[45]那么，“玄关”既未在身内部位，又未在身外，它到底在哪儿，是什么？对于此问题的回答，丹家结论相异。至清代已有“真穴无形无影，气发则成窍，机息则渺茫”[46]之说，李涵虚承此说法，又创新意。他说“玄关一窍，自虚无中生。不居于五脏六腑，肢体间无论也。”[47]“玄关者，神气交媾之灵光”，“此关为玄妙机关”，“此窍为万法归一之地，有独无对，故曰一窍。一言以备之曰：中是也。中在上下之中，亦不在上下之中。”[48]如果说他以上有关“玄关一窍”是什么还并无鲜奇之见解的话，那么对于 “玄关”在哪儿，则见解精辟、独到。他说玄关“有死有活”：以人体中固定部位黄庭、气穴、丹田为玄关，就是死的；以凝神聚气现出此玄关，就是活的 [49]。李氏还以亲身体验说明，玄关出现时，明灭不定。初入玄关时，恍惚无凭。只有交抱媾纯熟，才能逐步团结，取得明确的效应。既然玄关有死有活，因而它究竟在身体中的哪个部位上，对入手功夫而言就并不重要了。李西月的“玄关死活”说，既是对以往丹家“玄关”说的综合，也打破了丹家固守一己之说，“一刀切”论“玄关”的局面，对内丹理论的完善可谓贡献大矣。
“两孔穴法”，历来丹经很少提及，因为其乃内修之秘诀，向来只明师口授。李氏为使大道永存人间，毅然打破这一戒规，将这一机密，述诸笔端，其勇其诚可钦，而此亦成为其内丹思想异于他人之处。他说：“丹家有一穴，一穴有两孔。空其中，而窍其两端，故称为两孔穴。师所传‘口对口，窍对窍’者，即此境界也。为任督交合之地，阴阳交会之所，乌免往来之乡。一穴面孔，其中有作为之法，此法最玄玄也。”“《参同》曰：‘上闭则称有，下闭则称无。无者以奉上，上有神德居。此两孔穴法，金气亦相须。’斯数语者，即尽为之之法也。”“两孔者，玄牝之门也，为金丹化生之所。人于一穴两孔中，知行追摄之法，则两门皆开。” [50]等等，学者只要细研全书，综核诸论（尤其是“玄牝根基”“中字直指”等章），再结合这一段话，精思细凿，自会有心得。
（五）对药物层次，筑基炼己，养己炼己，神气精论，神息论、神意论，采炼妙用等方面的精详论述（参考《道窍谈》），反映出李西月思想广博、多端之特点。并且，正如其将炼心作用贯穿于内修全程一样，“守其自然”、“顺其自然”、“勿忘勿助”等等有关自然而然的思想也一直是其修炼过程中极为推崇的状态。
