（二）九层炼心的内炼全程
心性修炼，是内修各派均重视的功夫。“心学为道、儒、释三家所持重，儒曰正心，佛曰明心，道曰炼心，要皆参修心学一事”[24]；唱道真言：“炼心者，仙家彻始彻终之要道也：心地茅塞，虽得丹道，亦是旁门。虽成顽仙，不登玄籍。”又云“炼丹先要炼心，……，仙家祖祖相传，无他道也。”炼丹而不炼心，犹鞭马使驰而羁其足，何能使达也。炼心为成仙一半工夫。”[25]由此可知，修心炼性在丹法中的重要性。李西月不仅专门论述了下手之时的收心法，并且把炼心贯穿于其内炼全程中，即所谓的“九层炼心”：初炼未纯之心；二炼入定之心；三炼来复之心；五炼筑基之心；六炼了性之心；七炼已明之性；八炼已伏之心使之通神；九炼已灵之心使之归空[26]。李西月详细介绍了内修各阶段次第的炼心要求和方法。在“九层炼心”中隐含者其内丹修炼全程的九节次：一收心、二钻杳冥、三进气、四得气、五筑基、六结丹、七还丹、八温养、九炼虚（九个节次的思想亦体现在他对《无根树》的注解中）。其中前二节即为入手功夫，三至六节为结丹过程，六节之前为“后天”阶段，六节之后为“先天”阶段。如此的划分，与其祖师孙教鸾的九步次第有明显的不同：《九层炼心》详于前而略于后，《金丹真经》则详于后而略于前。这一不同是李重视入手功夫的又一佐证。李西月关于丹法层次划分的论点还有几种。如其在《后天串述》中，将“后天”又分为九层，“入门者必先收心、寻气、凝神、展窍、开关、筑基、得药、结丹、炼己，此九层功夫，乃为入道之门”[27]。而在《道窍谈·后天集解》中，“以开关、筑基、得药、炼己四层，分为后天次序”，以“开关辟筑基之路，以得药助筑基之需，以炼己了筑基之事”[28]。在《道窍谈·后天次序》中，将“后天”分为“后天” 与“后天中之先天”，“先天”分为“先天”与“先天中之先天”（在此需提醒的是，其“后天”范畴不同于内丹学通常所说之“后天渣滓之物”、“后天精气神” 中的“后天”，他说“初基以后天为妙用，然有可用之后天，即有不可用之后天。夫不可用之后天，并不得以后天名之。以其至阴至浊，不足道也。”[29]李西月及孙派理论所讨论的“后天”与“先天”是在广义的“先天”范围内所作的，实指以筑基完成为分界的前后两部分工序，之前为后天之身，之后为先天之（体）。
整个内炼过程，李西月还将其分为五关，即将旧说的炼精、炼气、炼神三关中的第三关“炼神”，进一步化为“炼神了性”、“炼神了命”、“炼神还虚”三关。他说：“丹法以炼精、炼气、炼神分为三关。然穷其修炼，实有不止于三者。层次不全，则有跟蜡等之患也。”“至于炼神之道，则有三关，……。炼神了性者，玉液炼己之道也。……炼神了命者，金液炼形之道也。……炼神还虚者，更上一层，与道合真之事。……”[30]这一分法表明李对了手功夫也是极为重视的。
（三）不同阶段的三件河车
三车之论，为李西月丹法的精要。三车，指三件河车，第一件运气，即小周天子午运火；第二件运精，即玉液河车运水温养；第三件精气兼运，即大周天运先天金汞，七返大丹，九还大丹（见于李著《三车秘旨》）[31]。近代道教学者陈樱宁指出，”这三件河车实为程度浅深的三段功夫，第一件河车，即指第一段功夫，第二件即指第二段功夫，第三件即指第三段功夫。至于运河车之路，仍只一条，并无歧异。勿误会河车有三条路也。”[32]李道山在《李涵虚真人小传》中说：“此三车者，皆以真神、真意斡乎其中。人能知三车秘谛，则精、气、神三品圆全，天、地、人三仙成就，”可见对三车评价之高。
“三车”具体之论，可参见《三车秘旨》。每一件河车中，李西月都极强调清静，自然而然，水到渠成及火候的及时。他指出若按“三车”修炼，到最后可得 “九还金液大丹”，“道人服此金液，……后天返先天，婴儿会姹女。婴、姹相逢，朝夕涵养，久之洞见脏腑，内外光明，中有一真，宛然似我，此婴、姹复生婴儿矣。得此婴儿者，必须默默调养，刻刻温存，由灵谷移上天谷，然后出神入化，高会群仙。”[33]
