空间结构序：主要包括人体细胞组织、生物分子结构和电子结构等。这些结构在排列上有一定的规律和序列，但是人在情绪变化剧烈、复杂的脑力活动、劳累、生病，以及自然环境改变的情况下，这些结构常常处于比较混乱的状态，因此人在休息的时候就要调整它，只是调整的速度很慢。但在气功状态、元神主事下，这些结构的排列的失序可以有较快的调整速度，而通常用药物或其他方法都不能达到如此高效率的理想排列。
时间结构序：主要是指生物钟（或称生理时钟）。每个人都有生物钟，生物钟主要表现在年节律（季节、节令）、月节律、日节律，现代人由于生活作息的紧张失序，可造成自身生物钟的失序，其中尤以日节律的失序较明显；晨昏颠倒，夜不安寐，昼不清醒。人体的生物钟一乱，人体的生物结构必受影响，自然就影响得病，练气功的人可以通过整体状态的改善，来调整生物钟使之有序，所以练气功对于治失眠特别有效，白天也会精神饱满。更大意义上的生物钟效应，则是指透过练气功可以用来延长寿命（整体生物钟）。
功能序：若按规代医学说法，人常常是心理、生理相互影响，然而非良性的心理、生理相互影响可以导致病理变化。气功的三调实际上就是透过心理、生理的良性相互影响来达到调整的目的，只不过动功类是生理影响心理更多，而静功类则是心理影响生理更大，但最终都达到身心高度和谐与完满的状态。
