功能性便秘的发生可能与心理因素、先天性异常、炎症刺激、滥用泻药及长期有意识抑制排便，或与支配肛门内外括约肌的神经功能异常有关。病因可归纳为以下几项：
(一)由于不良的饮食习惯，使得食物中所含机械或化学的刺激不足(如蔬菜中的纤维素)或因摄食量过少，尤其是缺少遗留大量残渣的食物。使肠道所受刺激不足，反射性蠕动减弱造成便秘。
(二)在结肠的总蠕动后，粪块进人直肠，从而引起排便反射。但当便意经常被忽视，排便场合和排便姿势不适当，以及经常服用强泻剂或洗肠等，均可造成直肠反射敏感性减弱。以致虽有粪块进入，而不足以引起有效的神经冲动，故无排便反射产生，结果造成便秘。
(三)精神抑郁或过分激动，使条件反射发生障碍，高级中枢对副交感神经抑制加强，使分布在肠壁的胸腰支交感神经作用加强，因而产生便秘。
(四)不良的生活习惯，睡眠不足，持续高度精神紧张状态等，亦可造成结肠的蠕动失常或痉挛性收缩，因而造成便秘。
