针对以上问题，可以在以下几方面加强研究，以期达到“真伪优劣”鉴别的最终目标。
一、寻找进化速率快、种间高度变异的DNA序列进行测序分析。如叶绿体基因间隔区trnD-trnT，rpoB-trnC、trnH-psbA等。品种特征DNA序列的获得是将其转化为简易、高效的PCR鉴别以及高通量芯片鉴别的基础，同时大量序列的获得，也为中药材比较基因组学的研究提供了可能和基础。
二、大力开发新型实用的中药材分子标记鉴别方法和试剂盒。中药材DNA降解严重，合适的DNA提取和鉴别方法的选择是保证中药材分子标记鉴别成功的基础。因此，对已有的各种新型技术和方法，要进行筛选和改进以适于中药材鉴别的需要。
三、积极与其他技术和方法联用。不同的方法均存在一定的适用范围和局限性，如由于DNA分子标记不受生物体发育阶段的影响，无法鉴别不同生长年限的药材，对同基源（基因型）的野生与栽培药材的鉴别也存在一定困难，单一的DNA分子标记鉴别无法解决中药材鉴别的所有难题。因此，积极寻找与各种新型方法技术的有机联用，将可能为中药材鉴别提供崭新的空间。如目前飞速发展的代谢组学研究为中药材代谢标识物鉴别提供了可能，高通量、高灵敏度的GC-TofMS和QTofMS等仪器能同时观察上千个化合物，监测接近全景代谢物的变化，该方法不仅能观测到主要活性化合物，还能检测到代谢中间产物（包括非活性物质）的变化，不仅能反映植物基因型的差异，也能反映环境因素的作用。整合DNA分子标记与代谢标识物的“双标记”方法，将有利于建立与药材品质紧密连锁的特异、高效的标记平台，为中药材鉴别和质量控制提供新的方法和技术。
