中药品种繁多，应用历史悠久，产区广泛。由于地理和历史的原因，药材品种混乱，基源复杂，如仅《中华人民共和国药典》2000年版收载的534种中药材，即有143种为多基源(二基源以上)，占收载总数的27%。加之中药的同名异物或同物异名现象普遍存在以及伪品、混淆品和误用品等因素，对中药的化学成分和药理作用的研究、制剂生产、临床疗效及推广使用等都有直接影响，严重影响了中医药的信誉。同时，即使是同种药材，由于产地不同、野生与栽培以及生长年限不同都表现出质量和疗效上的差异，这些问题为中药材鉴别方法提出了新的挑战，依赖经典形态分类以及传统鉴别方法已无法满足鉴别的需要。随着各种先进仪器以及分子生物学的发展，各种新的鉴别方法亦纷纷推出，如红外光谱鉴别、化学指纹图谱鉴别以及DNA分子标记鉴别等，中药材鉴别领域显示出了蓬勃的生机。
近年来，以PCR为基础的DNA分子标记鉴别技术在中药材真伪鉴别中发挥了重要的作用，同时，在多基源品种的鉴别及道地药材鉴别中也崭露头角，显示出了巨大的前景。以人参、西洋参的分子标记鉴别研究为例，可以清楚地看出中药材分子标记鉴别的研究轨迹。从1994年AP-PCR首次用于人参、西洋参的鉴别以来，已有24篇相关的报道，按照所用方法的不同可分为三种：
①基于PCR技术的方法有18篇文献，其中利用随机引物如RAPD和Ap-PCR等的有9篇，利用特异引物如MARMS、SCAR等的3篇，AFLP的3篇，PCR-RFLP的3篇；
②利用DNA测序技术的有7篇；
