小肠位于胃的下端，约为其身长的5~7倍，从上到下分为十二指肠、空肠和回肠。十二指肠长约25厘米，中间偏下处有胆总管的开口，胰液及胆汁经此开口进入小肠。小肠是食物消化的主要器官，食物在此受胰液、胆汁、小肠液的化学性消化。当蛋白质被分解为小分子肽、氨基酸，脂肪被分解为甘油与脂酸、碳水化合物分解为单糖后均在小肠被吸收，大肠仅吸收其中的一部分及大量的水分。
小肠通过紧张性收缩对食物进行混合和转运；通过节律性分节运动帮助食糜与消化液混合，使食糜与肠壁紧密接触，为吸收创造条件，同时挤压肠壁，有助于血液和淋巴液的回流；最后通过蠕动把食糜向大肠推进，每分钟移动1~2厘米。
新生儿的小肠约为自身长度的6~8倍，肠壁肌层薄弱，弹力较小，肠黏膜的血管及淋巴组织丰富，通透性强。黏膜的绒毛较多，吸收面积与分泌面积均较大，有利于食物的消化和吸收。新生儿消化道已能分泌消化酶，但消化酶的活力相对较差。婴儿肠道蠕动较强，故排便次数较多。同时由于植物神经功能不完善，肠道蠕动功能和分泌消化液的功能极易受外界影响，引起消化不良或腹泻。
婴儿固定小肠的系膜未发育完善，小肠游动度较大，黏膜与黏膜下层较松，故易发生肠套叠。如果家长不注意婴幼儿期这个特点，胡乱给孩子吃些不易消化的食物，或过食冷饮及有刺激性的食品，就更会增加胃肠负担，诱发肠蠕动紊乱，导致肠套叠的发生。
早产儿肠乳糖酶活性低，肠壁屏障功能和肠蠕动协调能力差，因此，易发生乳糖吸收不良、细菌经肠黏膜吸收引起全身性感染和粪便滞留或功能性肠梗阻。
