各个器官的疾病均可引起孩子发生头痛。孩子在发热或身体患有其他部位的疾病时，或在受到情绪、精神等诸因素影响时，亦可发生头痛。大多数孩子的头痛是因精神紧张、疲劳过度、发热引起的。少数是由疾病引起的。
脑部疾病脑炎、脑膜炎、脑血管病及脑出血、脑外伤、颅内肿瘤均可引起头痛，其多为持续性。如患颅内肿瘤，孩子会在每天早晨起床时头痛明显，还可伴有发热、昏睡或烦躁、呕吐、抽搐、肢体无力等症状。此时，须立即由医生进行神经系统检查及做腰穿术查脑脊液、头颅CT和眼底等检查，方能明确诊断。
脑外局部因素鼻窦炎的患儿有时以头痛为主要表现，且头痛以夜间睡眠时为主。孩子还伴鼻塞、发热、局部压痛等症状。学龄儿童因屈光不正引起的头痛现象也较为常见，孩子多在上课或用眼过度时发生头痛。中耳炎患儿在出现发热、耳痛、外耳道流脓等症状时，亦可发生头痛。
其他疾病任何原因所导致的发热，均可使孩子出现头痛症状，且大多随热度的下降，头痛逐渐缓解。
药物因素长期过量服用维生素A，可引起孩子发生颅内高压而出现头痛。而长期应用皮质激素后，如突然停药，亦可诱发头痛。
精神因素孩子在学习较为紧张和睡眠不足时，可引起头痛发作。如经常长时间看电视，由于射线、色彩、声音或故事情节等对大脑的刺激作用，孩子亦可发生头痛。此类头痛多不伴有其他异常表现，且睡觉后即可缓解。
