气功作为中医学的一个分支，在理论上主要以中医理论为基础，在创编功法和气功锻炼中也应用阴阳、五行、脏腑、经络、精气神等学说作指导；对气功锻炼产生的效应及气功作用机制等认识，到目前为止，也主要以中医理论来阐述。当然，由于自古以来，气功实践不只为医家独有，儒、道、佛、武等各家在各自不同的实践中，分别对气功形成了自己的认识，也构成了气功理论的一部分。
气功实践的结果也为中医学提供了新的内容，如明代医学家李时珍、张景岳等分别对奇经八脉和丹田命门理论的系统阐发，在很大程度上是建立在气功实践的基础上的。气功强调对意念的运用，是对中医调神理论和情志学说的补充和发展。掌握了气功心身同练的特点，有助于深入理解中医“形神合一”、“天人合一”的整体观，而气功作用机制的探讨，亦有益于对中医“气化论”、“精气神”理论和脏腑心理相关性等的深入认识。发掘整理气功与药物配合应用，气功针灸、气功按摩等传统治疗方法也可提高临床疗效、开拓新的治疗途径。
气功包含心理疗法，但是与心理疗法有区别。心理疗法一般是指医生用语言、表情、姿势、态度等，对觉醒状态下的病人进行说理、暗示治疗；或用一些特殊的诱导方法，使病人引起一种表面上有些类似于睡眠的催眠状态，再对呈催眠状态下的病人进行暗示治疗。故病人始终是被动的。而气功疗法的特点是发挥病人的主观能动性，病人在医生指导下，通过自我锻炼从而加强自我控制能力而收效。
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