菠萝中含有大量的菠萝蛋白酶，它是一种蛋白质水解酶，提炼出来后具有很强的分解血凝块和纤维蛋白的作用，少量的菠萝蛋白酶会被胃液分解破坏，但是也有一部分的人对这种酶具有过敏 的反应，食用后10钟后会出现恶心、呕吐、腹痛、头晕、荨麻疹等多种症状。严重的患者还会出现呼吸困难以及休克，短暂时的缺氧，要是遇到这种情况要及时的利用制氧机帮助改善缺氧状况，这些现象就是菠萝过敏症。
因为菠萝里的甙类对人的皮肤、口腔黏膜有一定刺激性，所以吃了未经处理的生菠萝后口腔觉得发痒。菠萝里的5-羟色胺，是一种含氮的有机物，有强烈地使血管收缩和使血压升高的作用，每100克果汁中含2.5毫克～3.5毫克，多吃后会引起头痛。
此外，菠萝蛋白酶可能引起腹痛、恶心、呕吐、麻疹等过敏反应，严重的还会发生呼吸困难及休克。一旦出现过敏反应即应送医院施治，使用扑尔敏、苯海拉明等抗组胺药物；严重者使用皮质激素及其他综合治疗。
