这些潜意识的印痕反过来又在背后强有力地影响着人们表层的心理程序，人们可以从梦境、幻觉、灵感、直觉、精神病等心理状态中破译出潜意识的原形，内丹功夫中出现的不良心境、恶劣情绪、各种魔境、幻觉等都是潜意识作怪。内丹功法要净化潜意识，自我清洗自胎儿期以来键入的各种印痕，并通过一定方式（如熟读丹经、牢记师传、背诵口诀、默念咒语、反复训练等）将炼丹的程序编码输入潜意识之中。这种潜意识中的炼丹程序编码就是“真意”，它被称作勾引精、气、神等生命要素相互化合作用的“黄婆”。潜意识可以在内丹修炼中逐步人格化，凝炼为“阴神”。阴神是人格化了的潜意识，可以如梦中之身般的脱体而出，具有遥感、透视、预知等超常的心灵潜能。人类心理的最深层次是“元意识”，在内丹学中称作“元神”。内丹修炼到元意识时，呈一种极端清醒却毫无思心理维状态，这说明元意识是比潜意识更深一个层次的意识，相当于佛教唯识学指的阿赖耶识，丹家亦称为宇宙和人体发生这初的“一点灵明”，是一种遗传的本能意识。元意识是人类在漫工的生物进化中遗存在头脑中的尚未开发的信息库，它包藏着生物进化史上曾经有过的智慧和能力，是人身真正的“自我”，因之丹家称为“主人公”。当迫使识神退位（排除常意识）元神呈现时，便是找到了真正的“自我”，因之内丹学又是一套开发自我，认识自我的过程。元意识在人体工程中通过开发和凝炼，可以逐步人格化为“阳神”。几乎所有的炼丹家都以其亲身经历表明阳神是元神的凝聚体，有成熟的人格，是有形有相的自我，可以脱体存在，具有突破时空障碍的巨大神通。丹家将人的躯体称作“色身”，将阳神称作“法身”，也叫身外之身，出阳神是内丹人体工程的重大目标，也是内丹学研究中最棘手的一项课题。实际上，内丹学是一项凝炼常意识、净化潜意识、开发元意识的系统工程。它只有在自己科学能够充分地解释人的大脑神经的奥秘时，才可能在实证的层面上获得突破性进展。
（5）取坎填离术。内丹学认为后天的坎（□）、离（□）二卦是由先天的乾（□）、坤（□）二卦中间的阴、阳两爻互换位置造成的。《渔庄录》云：“先天八卦，乾南坤北。因男女交媾之后，乾体破而为离，坤体实而为坎。故后天八卦，谓离南坎北，盖以离代乾，坎代坤也。”内丹学要从后天返回先天，变离为乾，变坎为坤，因之丹功修炼要求将坎（□）卦中的阳爻再抽回来，填入离（□）卦中阴爻的位置上，使之回复到先天乾（□）卦的纯阳之体，丹家称之为“取坎填离”。离、坎二卦在阴阳双修丹法中是男女的代号，意思是以男子离器中的真阴（又称真汞、砂中汞、龙从火里出）摄取女子坎户中的真阳（又称真铅、水中金、虎向水中生），从而阴阳交媾成丹。清净孤修丹法以离、坎二卦为心、肾的代号，或以离喻心神，坎喻炁、真精。这样，取坎填离术在小周天中指心液下降、肾炁上升，又称还精补脑；在大周天中指消阴炼阳、炁定神纯，又称抽铅添汞，《悟真篇》讲“取将坎位中心实，点化离宫腹内阴。从此变成乾健体，变化飞跃总由心”，将取坎填离术看作内丹学的基本功夫丹，家称“取坎填离”、“抽铅添汞”、“还精补脑”、“心肾相交”等，用现代的语言说，实际上就是从自我调节人的性激素及内分泌入手，通过增强人的性功能来恢复大脑的青春活力。再确切点说，就是从调整人的内分泌入手改善整个神经系统的状况，协调人体性腺和丘脑的负反馈机制，由生理的和谐推进心理和谐及人体潜能的开发。道教医学本来就有补肾可以健脑的思想，内丹学则更突出了肾（中医的肾包括整个内分泌系统、生殖系统的功能，称作“先天之本”）和脑（包括神经系统及心理层次）的联系。内丹学初关仙术以精为基础，气为动力，神为主宰，人在高度入静的状态中，性腺、松果体、脑下垂体的内分泌相互激发，从而使全身在生理上和心理上都达到一个和谐有序的新水平，这就是取坎填离的效果。
《参同契》云：“三五与一，天地至精。可以口诀，难以书传。”《悟真篇》云：“三五一都三个字，古今明者实然稀。”《方壶外史·悟真篇小序》云：“三五与一，天地至精；龙从火出，虎向水生；二物欢会，俱归中宫；三家相见，怀胎结婴。”这些话被称为丹家之秘。实际上，水金和木汞通过真意（土）化合成丹，也是取坎填离的意思。心肝脾肺肾五气朝元，精炁神三华聚顶，都不外是摄取先天一炁与元神凝炼成丹而已。
（6）黑、赤、黄三道关窍说。丹家认定人身真气运行的经脉主要有三条，一称赤道，即任脉；一称黑道，即督脉；一称黄道，为中脉。《泄天机》载闵小艮曰：“丹家理气，原有三道，曰赤，曰黑，曰黄。赤乃任脉，道在前，心气所由之路。心色赤，故曰赤道，而赤性炎上，法必制之使降，则心凉而肾暖。黑乃督脉，道在后，肾气所由之路。肾色黑，故曰黑道，而黑性润下，法必制之使升，则髓运而神安。原斯二道，精气所由出，人物类以生存者，法故标曰‘人道’，丹家、医家详述如此。黄乃黄中，道介赤黑中缝，位在脊前心后，而德统二气，为阖辟中主。境则极虚而寂，故所经驻，只容先天，凡夫仙胎之结之圆皆在斯境，虽有三田之别，实则一贯，法故标曰仙道。”赤、黑二道丹家称为人道，兼容先、后天之精气运行，黑道有尾闾、夹脊、玉枕三关，过三关才入泥丸宫；赤道有上田、中田、下田三窍，此外尚有天门（眉心）、重楼（气管）、绛宫、黄庭、生门（脐门）等要穴。黄道只容先天真精、元炁通过，称仙道，自虚危穴（一名阴蹻）透入，过中黄，直达顶骨（天灵盖、囟门）。阴蹻穴乃黄道之天关，关乎人之生死，故又称生死窍、复命关；真气归黄，必须纯为先天，否则清浊混杂，易生“闯黄”、“闹黄”之症。囟门盖骨乃人身生气所凝结，上应镇星（位于中天，乃五星之中，高出日月星辰之上），丹家称为“人镇”，其光华称“意珠”，可卫护婴儿（未成熟之阳神）。
