魏晋时传世的《黄庭经》和葛洪的《抱朴子内篇》，都隐藏有内丹法诀。《黄庭经》已开始将内丹称作“子丹”、“玄丹”，重点研习了存神、意守三丹田、内视、调息为主的清修丹法。《黄庭外景经》强调了头部泥丸宫在炼神功夫中的作用。其中“中有真人巾金巾，负甲持符开七门，此非枝叶实是根，昼夜思之可长存”，和瑜伽术修七轮功夫暗合，为中黄直透丹法。《抱朴子内篇》中亦隐有两段丹诀，一为《微旨》篇中的“真人守身炼形之术”，属清修丹法；一为《微旨》篇中的“二山求生之道”，属阴阳丹法。《黄庭内景经》已有“玄丹”之名（“若得三宫存玄丹，太一流珠安昆仑”），《抱朴子内篇·微旨》也有“中丹”之说（“中丹煌煌独无匹，立之命门形不卒”），实际上已将真气运行法称作炼丹了。《南岳思大禅师立誓愿文》中天台宗三祖僧人慧思引道入佛，“为护法故求长寿命”，“借外丹力修内丹，欲安众生先自安”，使外丹、内丹之名见于史籍
隋唐时期，《周易参同契》在社会上公开传布，促进了内丹学的发展。据《罗浮山志》载，青霞子苏元朗于隋开皇中，来居罗浮，归神丹于心炼，“自此道徒始知内丹矣”。唐代丹家以张果与司马承祯对内丹学之发展贡献最著。
自唐末、五代至北宋初年，内丹学突放异彩，在道教修炼方术中占据统治地位。著名内丹家崔希范、钟离权、吕洞宾、陈抟、刘操、施肩吾、陈朴、谭峭等高道以内丹学传功度人，使内丹功法趋于成熟和完善。崔希范所著《崔公人药镜》歌诀，为历代丹家推重，实是阴阳双修秘诀。钟离权和吕洞宾之事迹被后世道士神化，各派丹家多认钟、吕为开山祖师，内丹学的历史舍钟、吕则无从谈起。施肩吾为吕洞宾弟子，撰《钟吕传道集》、《西山众仙会真记》述钟、吕丹法，对后世影响甚大。另有《灵宝毕法》、《破迷正道歌》等，皆题名钟、吕所作。其中相传吕洞宾所著《敲爻歌》，为阴阳双修功夫法诀。钟吕丹法为性命双修、形神并炼的人体系统工程，以凝结精、气、神为基本功，以摄取先天一炁为要诀，次第分明，步步有验，吸引了不少修道者终生去从事这项人体实验。件说钟离权得丹诀传吕洞宾、陈朴等人，吕洞宾之徒又有刘操（海蟾真人）、麻衣道者、施肩吾、何昌一、张中孚等。陈朴著有《陈先生内丹诀》，收入《道藏》，其法诀直指玄关，九转成功。吕洞宾之徒刘海蟾又传张伯端、晁迥、马自然、蓝元道、王庭扬、张继先等，为内丹大师。内丹学史上的关键人物，还有著名道教学者陈抟。陈抟字图南，自号扶摇子，赐号“希夷先生”，得麻衣道者所传钟吕丹法，又从何昌一学锁鼻术，隐居华山。陈抟之学传种放、张无梦、火龙真人等，谭峭亦与陈抟相师友。陈抟著《指玄篇》并传《无极图》，奠定了“顺则生人，逆则成丹”的还丹原理和“炼精化炁，炼炁化神，炼神还虚”的基本步骤。陈抟又传“蛰龙法”，后世各派丹法俱受陈传影响。
宋代以来，内丹学在发展中产生出许多流派，功法逐步达到炉火纯青的境界。要之，成熟的内丹学，由吕洞宾、陈抟、刘操传开，而后又有天元、地元、人元之分，门派有南、北、中、东、西之传。天元丹法，后世一般指北宗龙门派的清修功夫，但传统上将服食后可立地飞升的外丹称天元神丹。人元丹法，后世一般指南宗男女栽接的阴阳双修功夫，但也有人将南北宗性命双修的丹法统称为人元大丹者。地元丹法，一般指外丹黄白术，称地元灵丹。内丹各门派，皆推源于伏羲黄帝一、王乔、赤松、老子。一派自称传自关尹子（文始真人），号文始派，由陈抟传火龙真人。另一派依托东华紫府少阳帝君王玄甫（汉代人），称少阳派，自称由王少阳传钟离权，钟离权传吕洞宾，后开南北宗诸丹派。文始派以虚无为宗，属无上至真之妙道，顿超直入，修性而兼修命，乃天元丹法。少阳派主张性命双修炼养阴阳，以有为法而至于无为法，次第分明，便于入手，流传甚广，故丹家有以文始派最高，以少阳派最大的说法。实际上这些众多的门派，从丹法上讲，略分两类，其一是阴阳双修的栽接法门，其二是清净孤修的胎息法门，其他不过是清修派和阴阳派的结合体而已。
内丹学南宗以张伯端为开山祖师。张伯端（987—1082年）又名用成，字平叔，号紫阳真人，天台人，晚年得道，著《悟真篇》，将《周易参同契》的内丹秘诀公诸于世。张伯端传石泰（号杏林），石泰传薛道光（法号紫贤），薛道光传陈楠（号翠虚，人称陈泥丸），陈楠传白玉蟾（号海琼子，封紫清真人），被后世尊为南宗五祖。张伯端又传马自然、刘奉真等；刘奉真即刘永年，字广益，号顺理子，传丹法于翁葆光，翁葆光又传若一子，为阴阳双修法门。薛道光为修丹功，由僧还俗，所习亦为阴阳法诀。而白玉蟾之丹法则为清修派，门徒甚众，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耜、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较为著名。
南宗丹法与北宗相较，在性命双修的前提下较重命功，其丹法先修命后修性，先术后道，形成一套次第分明的人体系统工程。南宗所传阴阳栽接功夫，在炼精化炁一步，主张由彼家身上采取先天一炁之坎中阳爻，和自家离中真阴合而成丹。陆彦孚、戴同甫、陆子野、甄九映、陶素耜、李文烛、彭好古、仇兆鳌、傅金铨等皆主阴阳丹法，尊奉《参同契》和《悟真篇》，遂使阴阳丹法成为南宗特色。
