尽管无法证明“气”的存在，还是有不少证据显示，针灸的确能影响生物机能。其中，镇痛作用是被研究得最透彻的。最早的突破来自中国北京大学神经科学研究中心的韩济生。20世纪70年代和80年代，他的研究团队发现，身体在被针刺激之后，会释放出天然的内源性镇痛剂——内啡肽(endorphins)。他给一组大鼠进行了电针灸，然后，把这些大鼠的血液注射到另外一些从来没有接受过针灸的对照组大鼠体内。结果，两组大鼠对疼痛都不再像以前那么敏感了。很明显，这是因为内源性镇痛剂也随着血液一起被注射进了对照组老鼠的体内。
针灸vs疼痛
多年来，经过大量的实验，人们已经知道，针灸可以在很多情况下控制疼痛。通过在扎针部位上刺激神经末梢，可以促发大量能影响疼痛感的物质的分泌。脑啡呔(enkephalin)和强啡呔(dynorphin)是人体内产生的两种天然鸦片剂，它们能抑制脊髓神经细胞的电活动。医生就是这样解释针灸的直接镇痛作用——直接止痛效应(immediate analgesic effect)的。只要针还扎在皮肤上，针刺带来的刺激就会把人的注意力从疼痛部位引开。
另一些专家，像德国杜伊斯堡-艾森大学内科和中西医结合科的医师马库斯·贝克尔(Marcus Baecker)相信，还有另外一种原理，帮助患者在接受针灸治疗之后，长时间地减轻疼痛。脊髓中一个叫做后角(posterior horn)的部位，在它的上面有抑制性突触，可以持续减弱神经纤维的传导性。神经纤维向大脑传递信号的能力减弱了，疼痛感便无法到达大脑，人也不会感觉到痛了。
