怀孕期间服用己烯雌酚还可造成胎儿畸形，使女性男性化、男性女性化，出现尿道下裂、附睾、睾丸和精子异常，甚至引起脑积水、脑脊膜膨出等。
同时，对孕妇还可能造成肝脏和肾脏的损害，使哮喘的发病率明显上升，还可能促使胆汁中的胆固醇饱和而形成结石，诱发胰腺炎和血栓栓塞性疾病。
尤其在怀孕早期，也就是在怀孕的前三个月，被称为敏感期。此时，如果有“侵袭”，包括病毒感染、特殊感染、乱用药物、营养物质摄入不足等，均可殃及胎儿，造成严重的后果。
药物的代谢也会殃及下一代，避孕药物里就有雌激素的成分，因此，当计划怀孕时，最好停用避孕药物半年以上，以免给宝宝造成不良后果。
