每款饮水机都有5个与外界相通的部分，即二个龙头，进水口，空气口，排污口。饮水机的二次污染主要是空气中的粉尘携带大量的微生物，藻类等随着空气进入饮水机，特别是空气口，排污口容易形成死角，微生物大量繁殖，同时也污染桶装水。
当换水时，直接将桶装水的桶颈倒过来放在饮水机的座上，在桶装水装上饮水机以后，每放出一升，必定有相应的一升体积的空气夹带的灰尘、大肠杆菌，葡萄球菌，霉菌等多种细菌也随之附着在饮水机内部，此后细菌会在饮水机内不断繁殖，呈淡黄色，黏滑感。时间一长就可达到危害人体健康的程度。
在饮水机自储水胆中，一直有近1000毫升左右的水残存，也是被忽略而容易滋生细菌的地方。一桶水用完又换下一桶，往往忽视了饮水机内胆还存有近1000毫升的“陈水”，久而久之细菌便开始滋生。长此下去将对人体的健康产生威胁。专家建议，桶装水最好能在一周内饮用完，长时间的阳光照射也会导致细菌繁殖。
