由于儿童抵抗力较低，所以预防秋泻的办法就是最基本的家庭饮食和卫生措施。由于轮状病毒普遍存在于我们的生活环境当中，当儿童抵抗力下降的时候，就很容易感染并导致腹泻。因此每天必须洗手液给孩子洗手、对于给儿童食用的瓜果应该进行消毒清洗、对孩子经常使用的玩具应该注意经常消毒。
此外，目前已经有针对秋季腹泻的“轮状病毒疫苗”，属于计划外自费接种，可以增强对轮状病毒的免疫。但由于秋季腹泻并非仅由这一种病毒引起，而且该疫苗的稳定性也并不是很强，而秋季腹泻的预后也比较好，所以丁宗一并不推荐普通儿童自费接种，而体质特别弱、肠胃功能长期不良的儿童可以考虑接种。
