母亲喝咖啡会对胎儿和接受哺乳的婴儿造成不利影响。美国食品及药物管理局（FDA）曾发表声明，建议已经怀孕或可能怀孕的妇女减少咖啡因的摄取。美国小儿科医学会的药物委员会建议，母亲每天摄取的咖啡因不要超过300毫克。
咖啡对胃溃疡患者不利。由于咖啡会促进胃液分泌，促进胃酸增加，故有胃溃疡的患者在喝咖啡时，要多加注意，切勿过量，更不要空腹喝咖啡。
咖啡会造成钙质流失。虽然目前并沒有直接证据，显示咖啡因会导致骨质疏松症，但是有一些研究指出，咖啡因使尿中排出的钙增多，从而增加患骨质疏松的危险。所以，经常喝咖啡的女性，应注意补钙。此外，也有报告说，尿中排出的钙增多，会增加患肾结石的风险。
咖啡具有抗癌作用。关于咖啡与癌症的报告非常多，大部分报告支持咖啡有预防癌症的作用。例如，瑞典卡罗琳斯卡医学院的拉松与沃尔克博士联合在美国《胃肠病学》杂志上发表报告指出，喝咖啡跟患肝癌的风险呈反比，咖啡含大量抗氧化剂如绿原酸，能对抗氧化应激，防止致癌物的形成。此外，在动物身上进行的试验也明确显示咖啡与绿原酸有抑制肝癌的作用。当然，也有一些报告显示，喝咖啡会增加患胰腺癌和卵巢囊肿的风险。
