孕期碰到用药的情况，孕妇应在医生指导下合理用药。从数据来看，新生儿出生缺陷占新生儿出生总数的2%-4%，大多数药物对婴儿没有明显危害。但如果持续用药、某些药物的代谢产物或是怀孕早期用药会增加胎儿畸形的危险。所以，当孕妇非常担心妊娠早期药物对胎儿的影响时，明确孕龄是必要的。
一般来说胚胎期(受精后第3周到第8周)是药物致畸的高敏期。孙丽洲教授解释说，这时候是细胞和组织的分化期，三胚层高度分化形成各器官原基时，所有细胞和组织都以严格程序和精确地规律进行繁殖、分化、迁移和消长、并有条不紊地形成各个器官的原基。此期由于胚胎细胞已失去多向性，开始定向发育，因而不易通过细胞分化的代偿来修复，一旦受到有害药物的作用，极易发生形态上的异常，导致畸形发生。
在胎儿期(受精后第9周到第38周)时，大多数器官分化已基本完成，药物一般不再造成解剖上的畸形。少数器官如中枢神经系统、生殖器官因分化尚未完成，仍有可能出现形态上的异常。
