形状的区别
眼部扁平疣：一般是大小不等的扁平丘疹，轻度隆起，表面光滑，呈圆形、椭圆形或多角形，境界清楚，可密集分布或由于局部搔抓而呈线状排列，皮损一般是正常皮色，淡红色或淡褐色。
脂肪粒：一般是白色小疙瘩，约针头般大小，看起来像是一个小白芝麻，一般散在分布于眼周。
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病因的区别
眼部扁平疣：眼部扁平疣是由人乳头状瘤病毒（HPV）感染引起的，病毒存在于皮肤棘层细胞中，当人体免疫力低下时，便会趁机感染皮肤细胞，促使感染细胞增生，形成疣状损害。
脂肪粒：脂肪粒的起因是皮肤上有微小伤口，而在皮肤自行修复的过程中，生成了一个白色小囊肿。也有可能是由于皮脂被角质所覆盖，不能正常排至表皮，从而堆积与皮肤内形成的白色颗粒。
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能否蔓延的区别
眼部扁平疣：由于抓挠扁平疣处的皮肤，导致扁平疣以及周边皮肤破损，病毒会由此感染周边皮肤，导致眼部扁平疣蔓延，所以通常眼部扁平疣沿着抓痕呈串珠状排列。
脂肪粒：脂肪粒并不会自主蔓延。
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是否传染的区别
眼部扁平疣：可以通过直接或者间接与患者的接触，传染给他人。如直接与患者握手、亲吻、贴面等直接行为，或间接接触患者使用过的针、眉毛钳、梳子、毛巾等间接行为，都会导致传染上眼部扁平疣。
脂肪粒：脂肪粒不具有传染性。
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