在人体打流感疫苗后，人体就会对进入人体的少量减毒流感病毒产生一定的免疫抗体。而当人体遭受到流感病毒的大规模侵袭后，人体内打流感疫苗后所产生的抗体就会迅速启动产生大量抗体而发挥抗流感病毒的作用，从而达到杀灭病毒抵抗流感的作用。
而没有打流感疫苗的人体本身就没有抵抗流感病毒的抗体，一旦感染流感病毒，人体会启动免疫系统，产生流感病毒的抗体，而打流感疫苗的人就节省了这个产生抗体的时间，而使人体对流感病毒的反应更迅速了。
大部分流感出现在11月到次年2月，但某些流感会延伸到春季，甚至夏季。含有最新病毒株的疫苗会在夏季末期开始提供使用，在9月就可以接种疫苗。《中国流行性感冒疫苗预防接种指导意见》提出，在流感流行高峰前1—2个月接种流感疫苗，能更有效发挥疫苗的保护作用。
接种流感疫苗的最佳时机是在每年的流感季节开始前。在我国，特别是北方地区，冬、春季是每年的流感流行季节，因此9、10月份是最佳接种时机。当然，在流感流行开始以后接种也有预防效果。
