生豆浆中的胰蛋白酶抑制物、皂甙和维生素A抑制物，还有豆腥味等物质均有其抑制作用，如：胰蛋白酶抑制物本身就是一种蛋白质，它能选择性地与胰蛋白酶结合，形成稳定的复合物，从而使胰蛋白酶失去活性，使蛋白质水解为氨基酸的过程中受到抑制，妨碍膳食中蛋白质的消化、吸收和利用，降低豆浆的营养价值；皂甙对消化道黏膜有很强的刺激性，可引起充血、肿胀和出血性炎症，出现恶心、呕吐、腹泻和腹痛等症状，还可抑制蛋白酶致甲状腺肿等毒副作用；而维生素A抑制物又能氧化并破坏胡萝卜素。
此外，生豆浆中含有丰富的蛋白质、脂肪和糖类，是微生物生长的理想条件。因而，豆浆必须煮熟烧透。煮豆浆时，先除净将上浮的泡沫，再用文火维持煮沸5分钟左右，使有害物质被彻底分解破坏，并杀死微生物。
父母通过充分的浸泡、磨细、过滤、加热等处理方式，能够充分地利用大豆中的蛋白质，也能消除胰蛋白酶抑制素的不利影响。有时候，将生豆浆加热到80℃－90℃时，会出现大量的白色泡沫，但这实际上是一种“假沸”现象，此时的温度还不至于破坏豆浆中的皂甙物质。正确的煮豆浆方法应是，在出现“假沸”现象后继续加热3－5分钟，使泡沫完全消失。
但完全没必要为了保险起见，反复地煮好几遍豆浆，这样虽然去除了豆浆中的有害物质，同时也造成了营养物质流失，因此，煮豆浆要恰到好处，而且也要控制好加热时间。
