一、消化系统导致
临床调查证明诱发口腔溃疡的原因与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明：30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病，如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。
二、内分泌原因
此原因女性多见，由于女性在月经期间内分泌会有些紊乱，这些也常是诱发口腔溃疡的原因，有些女性每逢经期或行经前后就会出现此症，用药治疗只能暂时缓解，下月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现此症主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素（孕酮等）的水平降低所致。
三、精神因素
据研究调查表明此病症出现的原因与精神方面有很大的关系，有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
四、其他因素
身体元素的缺乏也可导致相关疾病的出现，如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12、营养不良等，可降低免疫功能。病毒可能是溃疡的始动因子，但目前尚未在患者血清中查出相关抗体，亦未见从溃疡坏损组织中分离出病毒的报道。
