尽管一些人可能更偏爱自然疗法，但研究益生菌是为了配合药物治疗，而非用其取代药物治疗的。
“我绝不会提倡停止药物治疗而换成使用益生菌。”希巴德解释说，“相反，人们应该把益生菌作为他们已有的治疗程序的辅助，或者将其用作预防手段，这样将来他们也许不至于走到药物治疗的一步。”
误区3：食物和营养品的标签上提供了精确的微生物数目
实际情况并不总是如此。食物标签通常并不会告诉消费者食物里到底有多少细菌，它们可能只会简单标注食物内含有“活性菌”。成分表也许会提供关于食物中益生菌的更多信息，比如它们的属名和种名。
希巴德表示，绝对存在一些并不会提供真实或确切的微生物成分的益生菌产品。一般来说，规范生产商生产的高质量营养品会提供相对可靠的微生物数目，也会表明益生菌的属名、种名和株系名称。但是一部分营养品可能只会提供“生产时产品中的活菌数目”——这并不能保证你在购买或服用该产品时活菌数目仍能保持不变。
而有些不含活性菌的产品也会在标签上生成含有益生菌，或者标注的益生菌含量比实际要高。2013年，独立调查机构ConsumerLab.com所做的调查发现19种益生菌营养品中，有5种实际含有的微生物比声称的要少。有些产品的益生菌含量仅有成分表上的56%，最少的只有表上声称的16%。
误区4：大多数酸奶都是益生菌的优质来源
“仅仅因为它是酸奶，并不意味着就有益生菌在里面。”希巴德说。有些成分表上写着“活性菌”的一些酸奶的确提供会数以十亿计的益生菌，但并不是所有的酸奶都会有。
所有含活性菌的酸奶都含有保加利亚乳杆菌（Lactobacillus bulgaricus）和嗜热链球菌（Streptococcus thermophilus），但是一些生产商会在进行巴氏灭菌之后加入其它益生菌，比如嗜酸乳杆菌（L. acidophilus）、鼠李糖乳杆菌（L. rhamnosus）以及干乳酪酸杆菌（L. casei）。
误区5：摄入益生菌有利于预防感冒
希巴德说，人们经常会寻求那些可以帮助他们免疫系统运作的产品，以减小患病几率。尽管有一些初步数据提示益生菌可能有助于抵挡感冒，但她表示，目前还并没有强有力的实验结果支持这一观点。
“我们还没有证据。”希巴德表示。研究者仍然在尝试寻找益生菌有益于免疫系统的具体机制，并从更广泛的角度弄清益生菌对什么状况最为有效。
