病因一：免疫系统异常。当身体免疫系统异常时，一些存在于口腔内部的病毒或细菌会特别活跃，会导致溃疡的明显恶化。而此类病毒多属于原发性病毒，人类感染后即存在体内，藏在表皮下的血管中，并在细胞核中繁殖。常见为链球菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌及大肠杆菌等。
病因二：过度疲劳。专家认为，现代人生活紧张，精神压力大，使口腔溃疡成为一种因生活形态导致的“文明病”。临床观察发现，口腔溃疡患者有许多是在过度疲劳后发病的。因为身体的疲劳、精神不佳等都可导致人体内环境失衡，会激活潜伏在体内的病毒，导致溃疡发生。
病因三：荷尔蒙变化的影响。口腔溃疡也被认为与遗传、荷尔蒙等因素有关，如女性月经前口腔溃疡会有恶化情形，更年期妇女也有病例增多现象，但怀孕期妇女则发病率较低，这些现象都显示溃疡的发生受荷尔蒙变化影响。
