扁桃腺切除术也是会有一些副作用，包括：手术后疼痛或出血，术后噁心感与呕吐，术后无法进食，声音改变等等。因此，衡量孩子因为疾病折腾所承受的痛苦，必须远高于手术本身带来的痛苦，这样去切除扁桃腺才有意义。这里必须提醒天下父母心，我们要衡量的是孩子的感受，而不是爸爸妈妈的感受；有时候孩子本身觉得疾病本身没什么不舒服，反而是爸爸妈吗紧张兮兮的，这时心态就要调整一下。
儿童切除扁桃腺的时机如下：
1.反覆扁桃腺发炎的次数，若过去一年不到七次，或连续两年每年不到五次，或连续三年每年不到三次，就都可以再等等，不用割除。
2.如果超过上述的频率，而且每一次扁桃腺发炎都有发烧超过38.3°C，或有颈部淋巴结肿大，或者扁桃腺化脓，或者都是A型链球菌感染，只要其中符合一项，就可以考虑切除扁桃腺。
3.如果频率有达到标准，但是没有上述第二项所描述的这么严重，那么大部分不需要施行扁桃腺切除术，除非这个孩子对多种抗生素过敏，或者无法服药，或者有一些自体免疫的特殊体质，或者曾经化脓细菌侵犯到深层颈部，在这些特别的情况也考虑割除。
4.至于扁桃腺肿胀到产生睡眠呼吸中止症的孩子，切除前医师必须先评估睡眠中止的严重度，包括睡眠检查，白天有无嗜睡，注意力不集中，过动，生长迟缓，学业成绩不良，夜尿等等症状。
5.如果经过医师评估有上述问题，则应接受扁桃腺切除术，但是切除后并不代表睡眠呼吸中止症就完全不会发生。
从上面的准则可以看出，大部分儿童都不符合扁桃腺切除术的标准，根据专家经验，很多孩子的扁桃腺都是不明究理地被白白切掉了。
