先心病的手术时间不能以年龄的大小而定，而是应根据病人的具体病情而定。对生长发育影响不大，短时间内无明显进展的先心病患儿可不急于手术，比如小的房间隔缺损或室间隔缺损，如果没有明显的症状，可不必急于手术，若到2岁仍未闭合，就需手术治疗了。而更多的其他先心病，需要早期手术，否则会延误治疗时机。需要早期手术的先心病包括以下几种：
大动脉转位 大动脉转位是指连接心脏的两个大血管(主动脉和肺动脉)失去正常联系。患儿出生后大多早期夭折，存活者在心内必定有异常交通支，但这些交通支在出生后要自行闭合。对不合并室间隔缺损或动脉导管未闭的大动脉转位者，应在出生后6～8周内手术治疗；若合并室间隔缺损或动脉导管未闭，为防止肺动脉高压，应在出生后3～4周内手术治疗。
完全性肺静脉异位引流 这类患儿常伴有肺血回流受阻，导致肺动脉高压，容易出现心力衰竭、难治性肺部感染。若不手术，50%的患儿3个月内死亡，75%的患儿1岁内死亡。因此，这类病人一旦诊断明确，需要立即手术。
法乐氏四联征和肺动脉瓣闭锁 这两类先心病若不早期手术，约2/3的患儿在1岁内死亡。这类病人病情轻者可早期一次性根治；病情重者可先做姑息性手术，改善症状，长大后再进行根治术。
主动脉缩窄和主动脉弓中断 这两种先心病常合并室间隔缺损和动脉导管未闭，若不早期手术治疗，以后即使手术，高血压仍将长期存在。而早期手术治疗，血压可在术后恢复正常。
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