扁桃体是咽部最大的淋巴组织。在儿童时期，它是个活跃的免疫器官，含有各个发育阶段的淋巴细胞，如T细胞、B细胞、吞噬细胞等。所以它既具有体液免疫作用，产生各种免疫球蛋白，也有一定的细胞免疫作用。
扁桃体产生的免疫球蛋白IgA免疫力很强，可抑制细菌对呼吸道黏膜的粘附，并可抑制细菌的生长和扩散，对病毒也有中和与抑制作用。
IgA还可通过补体的活化，增强吞噬细胞的功能。这些在两岁至五岁时表现最为活跃。
从免疫的观点来看，由于其对身体的免疫作用，不应随便将扁桃体摘除。儿童扁桃体肥大是正常生理现象，如果肥大但未影响呼吸和吞咽，没有产生较重的临床表现，不应摘除。因为切除后可能会影响局部的免疫反应，降低身体抗感染的能力。
如果扁桃体炎反复发作，妨碍呼吸和吞咽，引起风湿及肾炎等疾病时，应及时切除。一般儿童扁桃体切除术应在四岁以后进行，而且要等炎症消退后两周至三周切除比较适宜。但若发作过于频繁，不能久等，可考虑在发作消退后数天施行手术。
