黄连素又称“盐酸小檗碱”。它是从黄连、黄檗中提炼出来的一种抗菌性生物碱，对痢疾杆菌、结核杆菌、肺炎球菌、金黄色葡萄球菌、链球菌、伤寒杆菌、白喉杆菌、阿米巴原虫等均有抑制作用，以对痢疾杆菌的抑制作用最强。专家们经过药理研究证实，盐酸小檗碱不但能抑制某些细菌和原虫生长，还增强白细胞吞噬细菌的能力。
但不知从何时起，许多人一有腹泻，马上就会服用黄连素，黄连素竟成了医治腹泻的“万灵药”。
实际上，盐酸小檗碱口服吸收极差，其成分几乎均停留在胃肠道，不易透过胃肠道进入血液，故对一些有全身性疾病的患者力所不及，而对胃肠炎、细菌性痢疾等消化道炎症性疾病有特效。对非感染性的腹泻、腹痛，如胃肠功能紊乱、肠激惹症、过敏性肠炎和心因性腹泻等，盐酸小檗碱是毫无作用的。
部分患者口服盐酸小檗碱后会出现恶心、呕吐、皮疹和药物热，经常服用易产生耐药性。将其作为腹泻、腹痛的“万灵药”，而不问青红皂白，不明确病因，有时不仅不能消除腹泻、腹痛，甚至还会加重病情。腹泻、腹痛是否需要用盐酸小檗碱，应该经大便检查后再结合患者其他症状体征再行决定。
