许多药物可以由孕妇的血液经胎盘进入胎儿体内，直接对胎儿产生毒性作用，特别是在妊娠的头3个月，因受精卵正处于分化阶段，各系统还没有形成，正处于发育阶段，胚胎细胞受到化学药物的作用，就可能诱发遗传物质突变，导致胎儿畸形。
例如四环素类药，尤其是四环素能抑制胎儿骨质合成，在妊娠早期使用四环素可致胎儿四肢畸形，先天性白内障，妊娠4个月以后使用可致胎儿骨骼和牙齿发育障碍；卡那霉素、庆大霉素、链霉素可使胎儿听神经受到损伤，造成先天性耳聋；解热镇痛药阿司匹林、氨基比林等可造成胎儿中枢神经系统和肾脏畸形；大剂量皮质激素（强的松）可制胎儿多发性畸形，如唇裂和腭裂。性激素可致胎儿内分泌改变，如丙酸睾妨素可使女性胎儿外生殖器男性化；镇静药（冬眠灵、奋乃静等），抗过敏药（扑尔敏、苯海拉明等），利尿药（双氢克尿塞等），滴鼻净的长期应用，都可致胎儿神经系统发育障碍，并有其它潜在性致畸作用。此外，中药如破气行血，大寒大热，滑利沉降的药对母体和胎儿都可产生不良影响。应慎重使用。
