(二)尿液因素
1. 形成结石物质排出过多：尿液中钙、草酸、尿酸排出量增加。长期卧床，甲状旁腺机能亢进(再吸收性高尿钙症)，特发性高尿钙症(吸收性高尿钙症一肠道吸收钙增多或肾性高尿钙症-肾小管再吸收钙减少)，其它代谢异常及肾小管酸中毒等，均使尿钙排出增加。痛风，尿持续酸性，慢性腹泻及噻嗪类利尿剂均使尿酸排出增加。内源性合成草酸增加或肠道吸收草酸增加，可引起高草酸尿症。 2. 尿酸性减低，pH增高。
3. 尿量减少，使盐类和有机物质的浓度增高。
4. 尿中抑制晶体形成物质含量减少，如枸橼酸、焦磷酸盐、镁、酸性粘多糖、某些微量元素等。
(三)解剖结构异常
如尿路梗阻，导致晶体或基质在引流较差部位沉积，尿液滞留继发尿路感染，有利于结石形成。
(四)尿路感染
大多数草酸钙结石原因不明。磷酸钙和磷酸镁铵结石与感染和梗阻有关。尿酸结石与痛风等有关。胱氨酸结石是罕见的家族性遗传性疾病，尿中排出大量胱氨酸所致。
