灸疗的用药情况，虽比不得内治法丰富，但从各种隔物灸及太乙、雷火针灸在临床应用的情况看也可窥灸疗辨证论治之一斑。特别值得一提的是，灸疗主要原料艾的功能。清代吴仪洛在《本草从新》中说：“艾叶苦辛，生温熟热，纯阳之性，能回垂绝之亡阳，通十二经，走三阴，理气血，逐寒湿，暖子宫，止诸血，温中开郁，调经安胎，……以之艾火，能透诸经而除百病。”可以毫不夸张地说，离开了艾，灸疗学就不存在了。
灸疗作用于人体主要表现的是一种综合作用，是各种因素相互影响、相互补充、共同发挥的整体治疗作用。
首先，灸疗的治疗方式是综合的。如冬病夏治，以白芥子等药物贴敷膻中、肺俞、膏肓治疗哮喘的化脓灸，以及以隔附子饼灸肾俞等穴的抗衰老等，其方式即包括了局部刺激（局部化脓灸、隔物灸）、经络腧穴（特定选穴）、药物诸因素，他们相互之间是有机联系的，并不是单一弧立的，缺其一即失去了原来的治疗作用。
其二，治疗的作用是综合的。灸疗热的刺激对局部气血的调整，艾火刺激配合药物，必然增加了药物的功效，芳香药物在温热环境中特别易于吸收，艾灸施于穴位，则首先刺激了穴位本身激发了经气，调动了经脉的功能使之更好地发挥行气血、和阴阳的整体作用。
其三，人体反应性与治疗作用是综合的。治疗手段（灸疗）——外因只能通过内因（人体反应性）起作用，研究人员发现，相同的灸疗对患相同疾病的患者，其感传不一样，疗效也不尽相同，究其原因，就是人体的反应性各有差异。以上诸因素，在中医整体观念和辨证论治思想指导下，临证进行合理选择，灵活运用，方能发挥灸疗最大的效能。
灸的适应症，起初主要是用于治疗寒症的。 如《素问·异法方宜论》曰：“北方者……风寒冰冽，其民乐野处而乳食，藏寒生满病，其治宜灸焫”。唐代王冰注：“火艾烧的，谓之灸焫”，用这种烧灼疗法治疗“藏寒生满病”是颇有疗效的，以后逐渐发展为治疗全身不同性质的多种疾病。 《左传》成公十年（公元前581年）载，晋景公病，延秦国太医令医缓来诊，医缓说，“疾不可为也。病在盲之上、膏之下，攻之不可，达之不及，药不治焉”。“攻”即是灸法，“达”即是刺法。
