口腔之后为咽，咽壁具有较发达的肌肉层，它向后延伸到约第六体节处。口腔内壁和咽的上皮均覆盖有角质层。咽外部具有很多辐射状的肌肉与体壁相连，咽腔的扩大或缩小或外翻均靠肌肉的收缩来完成，便于蚯蚓取食。所以，一般蚯蚓喜欢吞食湿润、细软的食物，而干燥、大而坚硬的食物较难以食取。一些大型陆栖蚯蚓，如正蚓科环毛属和异唇蚓属的种类，在咽背壁上有一团灰白色、叶裂状的腺体，即咽腺，它可分泌含有蛋白酶、淀粉酶的消化液。可见咽除具有摄食、贮存食物的功能外，还具有消化作用。
咽的后面为窄长的管状食道，在食道上有一对或几对钙腺位于食道两侧，是由食道壁内陷形成的一种腺体，它可分泌钙质，以减少体内随食物进入的过多的钙，并通过控制离子的浓度以维持体液与血液的酸碱平衡。
嗉囊为食道之后一个膨大的薄壁囊状物。它有暂时贮存和湿润、软化食物的功能，也有一定的过滤作用，还能消化部分蛋白质。某些种类缺乏嗉囊和砂囊。
在嗉囊之后，紧接的是坚硬而呈球形或椭圆形的砂囊，即所谓的“胃”。有些蚯蚓仅具1个砂囊，占1或多个体节。通常陆栖蚯蚓均具砂囊。砂囊具有极发达的肌肉壁，其内壁具有坚硬的角质层。在砂囊腔内常存有砂粒，因砂囊的肌肉强收缩、蠕动，可使食物不断地受到挤压，加上坚硬的角质膜和砂粒的研磨，食物便逐渐变小、破碎，最后成为浆状食糜，便于吸取。砂囊的存在，是蚯蚓为适应在土壤中生活的结果。砂囊之后，便是一段狭长而多腺体的管道，称为胃（被心脏和贮精囊包围着，有时又称为小肠）。因胃壁上具有腺体，能分泌淀粉酶和蛋白酶，故胃是蚯蚓重要的消化器官。
