患者临床并不少见，大多数患者能找到明确的病因，但少部分患者病因不清，引起肛门疼痛的原因，主要可归纳为下列几个方面：
（1）肛裂引起的疼痛，呈周期性，多发于大便时或大便后，主要由粪便刺激，溃疡裂口扩张所致。其疼痛为阵发性灼痛或刀割样疼痛，可持续数分钟，待粪便通过后，疼痛减轻。
（2）肛窦炎一般为肛门部微痛、坠胀，排便时因粪便压迫发炎的肛窦而致肛门部灼痛，若括约肌因受刺激而挛缩，疼痛则加剧，并向臀部及股后部放射。常伴有少量脓性或粘液性分泌物外溢、气味臭，日久可致肛周潮湿、瘙痒等不适。
（3）血栓性外痔轻者有异物感，大多伴有胀痛。由于肛周静脉血管破损，血块凝结而成血栓，在肛门外皮下出现青紫圆形硬结节，一般在截石位3点、9点处。
（4）肛旁脓肿以胀痛为主，酿脓时疼痛呈鸡啄样。由于肛旁脓肿的发生部位、脓肿大小、致病菌和患者机体抵抗力等种种因素不同，出现的症状和体征也各有异。常见的有肛门周围皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠窝脓肿、直肠后脓肿，以及结核性脓肿等。
（5）内痔嵌顿以胀痛、灼痛为主，多由于痔静脉曲张、血络破损、血栓形成，造成组织循环受限而脱出肛门外，无法回纳，好发于Ⅱ、Ⅲ期内痔。故需尽早回纳或手术治疗，否则表面粘膜极易出血、破损，甚至并发感染。
（6）直肠癌早期无疼痛，以后由于肿块增大破溃，可出现肛门部坠胀、隐痛，常见有大便习惯改变、脓血便、腹胀、腹痛、消瘦等症状。
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