急性上呼吸道感染约有70%-80%由病毒引起。主要有流感病毒(甲乙丙)副流感病毒呼吸道合胞病毒腺病毒鼻病毒埃可病毒柯萨奇病毒麻疹病毒风疹病毒。细菌感染可直接或继病毒感染之后发生，以溶血性链球菌为多见，其次为流感嗜血杆菌肺炎球菌和葡萄球菌等。偶见革兰阴性杆菌。其感染的主要表现为鼻炎咽喉炎或扁桃腺炎。
当有受凉淋雨过度疲劳等诱发因素，使全身或呼吸道局部防御功能降低时，原已存在于上呼吸道或从外界侵入的病毒或细菌可迅速繁殖，引起发病，尤其是老幼体弱或有慢性呼吸道疾病如鼻旁窦炎扁桃体炎者，更易罹病。
鼻腔及咽粘膜充血水肿上皮细胞破坏，少量单核细胞浸润，有浆液性及粘液性炎性渗出。继发细菌感染后，有中性粒细胞浸润，大量脓性分泌物。
