过去，臭豆腐普遍被认为是“不健康”的食物，如今却摇身一变成了好东西。据台湾《康健》杂志报道，臭豆腐中富含植物性乳酸菌，具有很好的调节肠道及健胃功效。
北京食品酿造研究所所长鲁绯告诉记者，它的原料豆腐干本来就是营养价值很高的豆制品，蛋白质含量达15%～20%，同时含有丰富的钙质。
经过发酵后，蛋白质分解为各种氨基酸，又产生了酵母等物质，所以有增进食欲，促进消化的功效。臭豆腐乳饱和脂肪含量很低，又不含胆固醇，还含有大豆中特有的保健成分——大豆异黄酮，因此被称为中国的“素奶酪”，它的营养价值甚至比奶酪还高。
吃臭豆腐，对预防老年痴呆还有积极作用。一项科学研究表明，臭豆腐一经制成，营养成分最显著的变化是合成了大量维生素B12。每100克臭豆腐含10微克左右。缺乏维生素B12可以加速大脑老化进程，从而诱发老年痴呆。发酵后的豆制品也可产生大量维生素B12，尤其是臭豆腐含量更高。臭豆腐虽好，也不能多吃。每天最好别超过一块。另外，油炸臭豆腐营养含量下降，因此尽量少吃。
在食用臭豆腐时，不妨夹在馒头里或者和粥一起吃。吃完后，多吃新鲜的蔬菜和水果，它们含有的维生素C可阻断亚硝胺生成。
