药流有总是肚子疼有以下几个原因：
1、药物流产后感染：如果B超的判断是子宫内没有残留，那么要考虑子宫内的感染，因为流产所出的血是细菌的很好的培养基;如果药物流产肚子痛的情况严重，在妇科检查时子宫会有压痛，还会有发热等。
2、不全流产：药流成功率不是100%,部分女性会出现药流不全，从而引发药流后肚子疼。
3、宫腔积血：多发生在药物流产后几小时内，患者药物流产肚子疼痛难忍，如刀割样，阴道内有少量血水流出，妇科检查发现子宫增大明显，质软，有触痛;宫腔积血发生的人数也很少，子宫位置过度倾曲、宫颈口过紧的妇女容易发生。
