1、高促性腺激素性腺机能低下症，病变在睾丸。该病患者的下丘脑与脑腺体功能正常，他们能正常分泌促性腺激素，但是睾丸有问题，不能接受促性腺激素的指令，因此不能正常生产睾丸酮，出现阴茎不发育或发育不全等。
2、而另一种病因，阴茎短小低促性腺激素性腺机能低下病则是下丘脑或脑腺体病变引起的，也就是睾丸功能虽然正常，但接受不到来自下丘脑或脑腺体促性腺激素的指令，照样不会分泌睾丸酮。以上两种病的共同特点是体内缺乏睾丸酮。很多资料表明，小阴茎患者体内睾丸酮水平远远低于正常人。所以临床上遇到阴茎短小、小睾九患者，必须进行辨证施治，以明确诊断，才可制定方案治疗。
3、出生后到青春期前这期间，睾丸间质细胞基本处于静止状态，不分泌雄性激素，体内雄性激素主要来源于肾上腺，浓度不高。但在8一9岁期间，肾上腺分泌的雄性激素有较多增加，这也有助于在这一段时间阴茎的生长发育。青春期启动后，不仅雄性激素大量增加，而且阴茎上的雄性激素受体增加，对雄性激素的敏感性增加，从而促进阴茎、睾丸进一步发育。因此，在青春期任何造成雄性激素合成和分泌障碍因素，都可影响阴茎的发育，形成阴茎短小。青春期后，阻茎的结构和功能的维持，仍有赖于雄性激素。同样任何致使雄性激素合成和分泌障碍的原因，均可使阴茎不能维持原来状态而发育萎缩，所而形成了阳缩症。
