不宜与某些药物同服
氯霉素、红霉素等抗生素、磺胺类药物和治疗腹泻的收敛剂次碳酸、鞣酸蛋等药物，可杀死或破坏乳酸菌，而失去营养和功能作用。不过在口服抗菌素治疗某些炎症性疾病时，可同时饮用乳酸菌产品，既补充营养，又避免抗菌素对人体产生的副作用。
婴儿不宜饮用
酸奶含钙量较少，婴儿正在生长发育，需大量钙，且酸奶中由乳酸菌生成抗生素，虽能抑制和消灭很多病原体微生物，但同时也破坏了对人体有益菌的生长条件，同时也影响正常消化功能，尤其对肠胃炎的婴儿和早产儿更不利。
要低温保存
由于酸奶的主要成分是活性乳酸杆菌，它能防止蛋白质发酵，减少肠内产气，从而减轻腹胀、消化不良等症状。正常情况下，活性乳酸杆菌在0℃～4℃的环境中存活期是静止的，但随着环境温度的升高乳酸菌会快速繁殖、快速死亡，这时的产品就成了无活菌的酸性乳品，其营养价值也会大大降低。含有活性乳酸菌的酸奶保质期较短，须在2℃～6℃下保藏，否则容易变质。
