肺炎支原体肺炎
由肺炎支原体引起，肺炎支原体感染后，全部患儿均有咳嗽，多数为剧烈与顽固性咳嗽，有些似百日咳样痉咳，约半数可剧咳至呕吐、面部浮肿以及鼻、胸、腹痛。一般初为干咳，后期可有脓痰。咳嗽不少于3周者占90%。呼吸道状重、肺部体征不明显，胸片阴影显著是本病的特征。有报道说慢性咳嗽病儿中肺炎支原体阳性率显著高于急性咳嗽病儿，说明肺炎支原体是小儿发生慢性咳嗽的重要原因之一。
嗜酸细胞性肺炎
相对少见。有人认为嗜酸细胞性肺炎属于一种变态反应性综合征，以肺部浸润同时伴有周围血中嗜酸细胞增高为特征。多数患儿有低热、轻咳、乏力及胸部不适等。
脑性瘫痪
脑性瘫痪（或脑发育不良）引起孩子长期咳嗽在临床上是最常见可是是最容易漏诊的疾病。因为大脑受到了损害，对吞咽反射和咳嗽反射的调节出现异常，所以，这类孩子最容易反复呛咳误吸而导致呼吸道反复感染而咳嗽。然而，在我国，脑性瘫痪早期诊断的孩子并不多，除非当孩子到了该坐甚至该走路却不能时，家长才抱孩子去看病，而在平时，根本不会知道反复咳嗽是由于脑损伤引起的。
结核感染
咳嗽是儿童肺结核的基本症状之一。结核病为世界传染病中病死率最高的疾病，近年来儿童结核病的发病率有增高趋势，从世界范围而言，结核病的控制远未达到理想目标 。因此对于所有慢性咳嗽的患儿，特别是一些高危人群，即使无异常的体征和缺乏结核中毒症状，也不应忽视肺结核的诊断。
