预防接种不良反应分为两种，一种是一般反应，常被称为“正常反应”，主要表现为接种后出现的局部红肿、疼痛、硬结等症状，或有发热、全身不适、倦怠、食欲不振、乏力等全身症状，对机体造成一过性的生理功能障碍。一般反应的病情轻微，恢复较快，多在1～2天内恢复，通常不需要临床处置。
另一种是异常反应，接种后造成受种者机体组织器官和功能损害，其病情相对较重，多需要临床处置，但发生极为罕见。不同疫苗的异常反应发生率有所差异，世界卫生组织对部分疫苗的异常反应研究发现，卡介苗引起淋巴结炎、骨髓炎、全身播散症的发生率分别为100～1000/100万剂、1～700/100万剂、2/100万剂;乙肝疫苗引起的严重过敏反应发生率为1～2/100万剂;含麻疹类疫苗引起的热性惊厥、血小板减少、严重过敏反应的发生率分别为333/100万剂、33/100万剂、1～50/100万剂。破伤风疫苗引起的臂丛神经炎、严重过敏反应的发生率分别为5～10/100万剂和1～6/100万剂等。由此可见，疫苗引起的异常反应的发生率还是极低的。
预防接种不良反应
预防接种不良反应的发生原因是一个非常复杂的问题，涉及疫苗的因素、疫苗使用的因素和受种者本身因素等各个方面。疫苗的抗原蛋白、制备疫苗时添加的附加物、受种者自身的健康状况、免疫状况等都是发生预防接种不良反应的影响因素
预防接种不良反应按其发生机制分为非特异性和特异性反应两类，两者有时不能截然分开，有时同时出现或伴随出现，有时有些反应有互为因果，如疫苗作为一种异种蛋白，进入体内后引起非特异性炎症反应，出现局部的红肿，同时作为热原，也可能会使部分人出现发热反应。发热、炎症反应等都属于非特异性反应。与疫苗本分特性相关的，如接种疫苗后出现的过敏性反应，属于特异性反应。疫苗中的蛋白成分、辅料、附加物等进入人体内，可产生相应的免疫性反应，出现荨麻疹、血管性水肿、麻疹样或猩红热样皮疹等皮肤、粘膜表现的过敏反应等。
最常与预防接种不良反应混淆的是预防接种后出现的偶合症。偶合症是受种者正处在某种疾病的潜伏期，或存在尚未发生或尚未发现的基础疾病，接种后巧合发病(复发或加重)。偶合症的发生与疫苗本身无关。疫苗接种剂次越多，基础疾病发病率越高，预防接种后的偶合症出现几率就越大。如按我国新生儿死亡率为10.7‰推算，全国每年出生儿童约1600万，其中约17万名新生儿死亡，平均到每天也有400多名。而按照我国乙肝疫苗和卡介苗的免疫程序，在儿童出生后24小时内需接种乙肝疫苗和卡介苗，如果接种率为75%，那么就有约300多名儿童可能在接种乙肝疫苗和卡介苗后出现偶合死亡，这些偶合死亡病例其实与乙肝疫苗和卡介苗预防接种无关。因此，只要基础疾病存在或处于疾病潜伏期，偶合症在预防接种中很难避免。
