受精并非精子和卵子的简单结合。23对染色体必须成功结合才能构成一个胚胎。在这复杂的结合过程中，一个小小的错误就会导致基因的严重变异。而基因变异导致的直接结果就是胚胎无法存活。如果结合过程中的错误发生得较早，你可能根本察觉不到自己怀孕，受精卵就被排出体外了，而形式就像来了一次月经;如果发生得较晚，其结果将是萎亡孕卵，甚至是一个没有心跳的胎儿。
有将近3/4的流产是由染色体变异引起的，但这并不影响下一次的正常妊娠。然而，值得注意的是，随着年龄的增长，出现染色体变异的可能性也会随之增加。有关研究显示，女性在25岁时，卵子的染色体出现变异的几率是17%;在40岁时，这一几率就上升到了75%。这也就是为什么35岁以上女性怀孕后容易出现流产及胎儿先天缺损等问题的原因。
激素分泌失调
正常排卵依赖于各种激素的正常分泌，每种激素都在其中发挥着重要作用。15%的习惯性流产患者存在月经期激素分泌失调的症状，即某一种或几种激素分泌过多或过少，最常见的情况是黄体酮和雄性激素出现问题。以黄体酮为例，如果这种激素分泌量不足将导致受精的卵子无法正确地在子宫内着床。美国休斯顿市贝勒医学院妇产科教授Sandra Carson指出：“卵子发育异常有可能导致黄体酮分泌不足。”
