方剂配伍方法有多种，但七情配伍是中药配伍的基本形式，君臣佐使是方剂配伍的主要规则。研究复方配伍的目的在于去除无效物质，优化组合处方，增效、减毒，扩大治疗范围，适应复杂病情，预防药物中毒。主要有以下方法：
1.文献理论研究方法 从经典配伍实例中获得中药复方配伍的规律性认识：如相须相使配伍，能增强药效；相畏相杀配伍，可制约毒性；相恶相反配伍，可增毒减效等。已开始转向应用主因子分析，聚类分析等统计方法对类方方证内涵或方剂配伍特征予以研究，利用计算机技术对古今方剂进行逻辑处理，以客观、更深入地认识方剂的配伍结构，从中医证法方药内在逻辑上揭示方剂配伍和运用规律。
2.临床验证研究方法 即通过临床的医疗实践，考察药物组成变化、药物剂量变化与主治证、疗效之间的关系。疗效可靠的方剂，不仅要针对性强，恰中病情，还须立方严谨，用药主次分明，要做到一点就必须善于巧妙配伍。如黄连配木香善治热痢里急后重，配吴茱萸长于治肝火腹痛吞酸，配肉桂则治心肾不交之失眠。剂量是药性的基础，也是决定药物配伍后发生药效、药性变化的重要因素。以当归补血汤为例，文献记载的当归：黄芪之比除1∶5外，还有1∶6（《外科理例》），1∶4（《医学心悟》、《时方歌括》），1∶3（《医部全录》），1∶2（《血证论》），2∶5（《东医宝鉴》），3∶8（《医学入门》），3∶10（《女科撮要》）。而临床观察显示，当归：黄芪为1∶2时偏于养血益气，抗缺氧作用最为显著；为1：1时偏于益气活血兼养血，显著增强红细胞膜流动性。由此可见，不同剂量比例各有自己的作用优势。
