由此看来，所谓玄关窍实际上是指意元体活动在人体混元气中的一种状态。人的混元气是无形无象的，而意元体则更加精微难以言表。以此剖析各家玄关，表面上的矛盾即可迎刃而解。主张玄关是无形无象、同于道体之说者，是从玄关的体性特征上立论的；主张玄关有方所者，是从有形部位入手。《性命圭旨》也曾指出：“上关者心源性海之窍，中关者黄中正位之窍，下关者关元气海之窍，是皆玄窍也。”为什么会有不同部位呢？这是因为意元体与滋元气都是无形无象，它们可以与实体物兼容，故说“不在身（形）中，不离身中”。会运用任何部位都可是玄关，着于形或落于空，则有部位也不对，无部位也不对。当了解了意元体与混元气之体性特征后，以之作意，就必然会有契合之时。然而，神注之部位（即玄关之部位）不同，引起的反应也往往会有不同。因而玄关窍开的景象也就有了。例如：
（一）吐呐玄关为口鼻，鉴于口鼻之功用在呼吸，而吐呐法门重点在练呼吸吐呐，当受师传后，呼吸吐呐之意识就在意元体参照系中打上烙印。当神意凝于口鼻中的体混元气中后，首先将出现的是呼吸返先天，呈现口鼻之气连于丹田，随丹田翕张而行呼吸，呈现口鼻之气微弱若无的胎息现象。
（二）卦爻周天重在元精元气，其凝神入气穴之处，正相当于先天肾气的混元气场。因而体混元气随意念之凝神入穴而往该处集中，使这受到先天肾气所化，形成带有生命全息的可生成后天交感的气，对此气称元气也可，称元精也可。鉴于卦爻周天种药功程之口诀是“先守后忘”、“知而不守”，故生成之元精、元气有活泼自在之性；又鉴于元精已形成向外攻冲的习惯，所以向外冲至生殖器官，而形成性兴奋。由于定神于中，神不被气动而生情，且反复采药使气有了出而复返于中的经验，故元精元气不化为交感精，而呈现“似泄非泄、似翕非翕”的玄关窍开的景象。
（三）经脉周天玄关，是当周天运行一周后，返回气海氤氲之时，体混元气受到意元体的混化，使之加入了意识全息，当虚元凝静后，将呈现意识活动的景象。
（四）中宫祖气之心下玄关，其部位在混元窍附近。凝神于此，脏真混元气得到强化、充斥，意元体可得到充足的濡养，感知功能变得敏锐，因而感知到混元窍内之气可自行开张，下连丹田，口鼻之气若有若无，心下空灵；也有感到白光一片者。
（五）眉间玄关与脑接近，凝神入内，易直入意元体而感到空洞无涯、虚灵明净之意元体的体性。但若意念涉及到气，则聚气从册根入督脉下行至混元而呈现中宫祖气玄关窍开的景象。若有意将眉间所聚之气送至坎宫水府，则呈现卦爻周天之玄关窍开之景象。
（六）雷法玄关。无论是脐上诸穴，还是左眉稍外下方之玄关，都是通过凝神而达到聚气作用使气充足，通过已有的雷法知识在参照系（即俗谓的潜意识）中的作用，而出现意识造型，从而呈现出雷城雷将诸境。
（七）性功的玄关窍开是一特殊情况，此玄关的“忽地一觉”本身，就是玄关窍开，但它是旋开旋闭的。关键是在开的这一刹那，能够入得关去。需知“忽地一觉” 后，无论意识中呈现出的动态或静态都已不是玄关了。只有“觉”的刹那间，才是意元体本身的体性，唯有于此时意识内向体察，才能入得其内。这与佛家的明心见性很相近。
总之，以中为玄关、以空洞无涯为玄关是从玄关之本体上立论的，以各个部位为玄关是借部位之特性以发挥玄关在局部呈现之作用来立论的。尽管局部作用与本体有区别，但局部作用已和玄关有了联系。与直接着眼于局部的小术是等同的。各个功门当玄关窍开了以后，练功的方法与层次各有其特定内容，其因盖此。
中与空洞无涯之玄关直指根本，但不好下手，使一般初学者茫然无所措。各部位之玄关，可借有形之中而入无形之中，对此，《青华秘文》指出：“乃玄关一窍也，其大无外，其小无内。玄关有形之中也，玄关无形之中也。先就有形之中寻无形之中，乃因命立而见性也；就无形之中寻有形之中，乃因性而见命也。先性故难，生命则有下手处，譬之万里虽远，有路可通；先性则如水中捉月，然其成功一也。用力到者，自知其然也；未见，不必存之以有，恐至着相。”
《丹亭真人传道密集》说：“径寸之质以混三才，在肾之上心之下，仿佛其内谓之玄关。……用志不分，乃凝于神，但澄心绝虑调息令匀，寂然常照，勿使昏散，候安和。真是入定。于此定中，观照内景，才若意到，其兆即萌，便觉一息从规中起，混沌续续，兀兀腾腾，存之以诚，听之以心，六根安定，胎息凝凝，不闭不放，任其自如，静极而嘘，如春沼，无动极而翕，如百虫蛰，氤氲开合，其妙无穷，如此之时，便须忘气合神，一归混沌，致虚之极，守静之笃，心不动念，无来无去，不出不入，湛然常往，是谓真人之息以踵，踵者，其息深深之义。神交感，此其应也，所谓元气之所由生，真息之所由起，此意到处便见造化，此息起处，便是玄关……然此窍，阳舒阴惨，本无正形，意到即开，开合有时。”
