气通小周天，为什么会有这么大的祛病养生功效呢？从中医角度来看，其原因主要有如下两个方面。首先，中医学认为：疾病发生发展的根本原因，就是人体机能的太过与不及——阴阳失调。太过，就会发生实证、热证；不及，就会发生虚证、寒证。中医治病就是调节这种太过与不及的情况，使之趋于平衡，即《黄帝内经》中所说“谨察阴阳所在而调之，以平为期”。而小周天一旦打通，则水火即济，阴阳相合，达到高度的“阴平阳秘”。这样，病源消除了，各种沉疴痼疾自会不药而愈。
其次，练习小周天功，能强健脾肾功能，扶正祛邪，提高人体免疫力，也是促使顽疾痊愈的一个重要原因。在练功时，除了能激发肾阳真气外，功中的特有要求——搭“鹊桥”(即舌轻抵上腭)，能使口腔津液滋生，将其轻轻咽下汇入丹田，能益脾胃。
特别当小周天通后，气机循督脉到达头顶时，脑部的中枢神经受到激发，促使内分泌均衡分布，这时会有更为纯粹的、甘甜清凉的津液下降，古人称之为“玉液琼浆”，或“金津甘露”。其中含有大量消化酶，可使胃口大开，完全吸收食物的营养，还有保护胃壁、胃粘膜及抗衰老的作用。
同时，这种津液吞咽下去，尚有炼液化精之大用，与炼精化气相配合，形成良性循环。益补脾肾，对于久虚病体的康复是很重要的。古今中医名家均认为，当慢性疾病发展至五脏受损，证情纷繁，治疗治疗棘手之际，惟有培补脾肾一途，脾肾一健，其它症状则迎刃而解。如清代名医吴谦说：“凡病久虚不愈，诸药不效者，惟有益胃补肾两途。”
因为，按照中医的观点，人之所以得病，病之所以久治不愈，关键是自身薄弱。如《黄帝内经》上说：“正气存内，邪不可干”。也就是说，如果体内正气充足，致病的邪气是起不了太大作用的。而经现代医学证明，中医脾肾的生理功能，与西医的消化、血液、泌尿、免疫、内分泌等系统均有关系。因此，如果脾肾的功能一旦趋于正常、强健，将可大大提高人体的机能活动以及抗病和康复能力。中医学将这种综合抗病和康复能力叫做“正气”，认为它是使疾病得到好转乃至痊愈的决定性因素。
在中医学上，对于那些久病不愈的顽疾，如果在辩证的基础上施以培补脾肾治疗，达到扶正祛邪之目的了，顽疾便会随之而愈。而修炼小周天功，对调节、强健脾肾诸脏，恢复它们正常的生理功能，有着独到的功效。因此，练功能祛病除疾也就不足为奇了。
由上述可见，小周天功养生祛病的机理是符合中医理论的。只不过中医治病是用药物来调整人体阴阳，而练功祛病是通过特殊的手段(调心、调形、调息)来调整自身阴阳平衡而已。
