1.治小儿痱子痱子是婴幼儿及小儿常见病，多发于夏季，若不及时治疗，可引起痱子融合导致脓疮，继发感染。而用藿香正气水治疗小儿痱子，效果较好。可取藿香正气水1支，按比例加凉开水或生理盐水稀释，稀释浓度为：不满3月者，药液与水比例为1：3；4～12个月者，药液与水比例为1：2；超过1岁者，药液与水比例为1：1。用药之前先用温水将局部洗净擦干，然后用消毒药棉蘸稀释后的药液涂擦患处，每日2～3次。2.治蚊虫叮咬夏日若被蚊虫叮咬，可用藿香正气水外涂患处，半小时左右可减轻或消除瘙痒感。
3.治疖肿中医一般将疖肿暑疖和多发性疖病，认为是内郁湿热、血热或外受风热暑邪而成，现代医学认为是葡萄球菌感染所致。而藿香正气水方中的紫等苏成分有抑制葡萄球菌的作用，方中藿香芳香化湿；白芷发表、祛风、胜湿，故能散郁除湿治疗疖及疖病。用法是，用棉签蘸藿香正气水，一日多次涂擦患部。
4.治婴幼儿腹泻取干净纱布一块，折叠成4～6层置于患儿肚脐处，将藿香正气水置水中预热，待药温适宜时倒在纱布上，以充盈不溢为度，用塑料布覆盖纱布后，再用医用胶布固定，2～3小时后取下，每日2～3次，一般2日即可见效。对于腹泻较重、中度以上脱水者还需及时补液。
5.治慢性荨麻疹慢性荨麻疹是皮肤科常见疾病，致病因素较多，发病机制复杂，藿香正气水对本病有一定的治疗作用。可口服藿香正气水10毫升，每日3次，连服2周为1疗程。但若伴有喉头水肿、休克、发热者，及近2周来曾用过皮质激素治疗者和阴虚火旺者不宜采用此方法。
