宝宝厌食症的成因可能与下面这些因素有关：
1、全身性疾病如结核病、胶原病、贫血及一些慢性感染等。
2、消化道变态反应及服用易引起恶心、呕吐的药物，如红霉素、氯霉素、磺胺类药物以及氨茶碱等也可导致厌食。
3、胃肠道疾病。如消化性溃疡;急慢性肝炎;慢性肠炎、各种原因的腹泻及慢性便秘等都是常见的原因。
4、锌缺乏以及缺乏某些内分泌时，如甲状腺功能低下等。
5、其他如肝功能不全、高血压、酸中毒、尿毒症、心功能不全以及消化道淤血。
6、维生素A或维生素D中毒等。
7、情绪变化引起的厌食。进食采取不适当的溺爱态度，反而引起小儿神经性厌食。
8、不良的饮食习惯。高蛋白、高糖的饮食使食欲降低;两餐之间随意的吃水果、点心、花生、瓜子等零食;以及吃饭不定时、生活不规律;冷饮及饮料均影响消化液的分泌，进而影响食欲。
据调查，1-7岁患小儿厌食症的儿童中，仅有17%的儿童是因为疾病造成的，而83%的患儿都是因为食物结构不合理、饮食习惯不良所致。
