一般最常看到的现象是：服用后产生胃痛、胃胀气、严重者甚至有胃痉挛现象。尤其是早上空腹服用者，征状较明显，这就是牛樟芝的寒凉特性所造成。
一般有此征状的人通常是胃部或消化系统有发炎或溃疡的现象，由于胃部表面细胞太过敏感，绒毛组织受到牛樟芝刺激后产生收缩现象。若是牛樟芝作用在消化道溃疡的部位，严重者甚至会产生出血状况。牛樟芝本属寒性物质，早上空腹食用虽然可以增加吸收效率，但会降低胃部温度，使胃部受到很大的刺激，尤其是长期有胃病的人（胃寒者）刺激效应更大，因此切忌空腹服用牛樟芝，以免引发胃疾甚至胃出血。
第二种可能发生的不良反应是大量服用牛樟芝造成的「寒凝」现象。
对于大病后体质较弱的人或先天体质虚寒的妇女最为明显。尤其是在秋冬时，切忌一次大量服用牛樟芝，以免因「寒凝」造成手脚冰冷，甚至导致经期不顺、经痛等现象。牛樟芝具有很强的抗自由基能力，一方面能帮助有发炎征状的人消除过量的自由基 （尤其是NO），可解除发炎带来的不适感。
但另一方面就会造成血液循环不良，导致末梢微血管血流量不足，这就是中医所谓的「体寒气虚」现象。其实中医讲求的是「阴平阳秘」的治病逻辑，从前人营养较差，一般人身体体质普遍偏虚寒（气不足），所以古代人较讲究进补。现代人刚好相反，常常饮食过量且作息不正常，一般人体质普遍偏实（火胜），因此现代人应比较讲求泄火（即消炎）。牛樟芝的泄火本质的确是调节现代人火旺的最佳保健品。但所谓的「火」是身体完成生理代谢不可或缺的驱动力。
第三种可能发生的不良反应是长期服用牛樟芝造成「免疫力下降」的现象。
一般人以为菇、蕈类富含多糖体，具有提升免疫力的效果，因此推论牛樟芝应该具有提升免疫力的功效。实验研究也发现：由牛樟芝萃取出来的多糖体的确具有提升非特异型免疫的功效，然而民间的应用经验上，有些人长期服用牛樟芝变得比较怕冷，也容易感冒；有些接受化学治疗或放射线治疗的肿瘤患者，刚开始服用牛樟芝会降低副作用，但长期服用高剂量反而会增加血液感染的机率这些都是免疫力下降的现象。
为何长期服用反而导致免疫力下降呢？利用菌丝体酦酵而得的牛樟芝产品，其多糖体成分含量高，但次级代谢物含量则较低，因此免疫提升的效果较强，但保肝、抗肿瘤的功能较差。
