肾结石患者在确诊后根据结石的大小选择适用的疗法，一般根据不同的发病机制适用不同的药物疗法：
肾结石的药物治疗主要有以下几种：
(1)高钙尿：因原发性甲旁亢、类肉瘤病、甲亢、多发性骨髓瘤等引起者应作相应治疗。其他病因者可采取下列措施。
1)噻嗪类利尿剂：双氢克尿噻每日50～100mg，或相应剂量的其他利尿剂。
2)磷酸钠纤维树脂：每次2.5～5g，进食同时服用。同时应适当限制草酸摄入，而补充钙。
3)正磷酸盐：每日1.5～2.0g磷元素，分3～4次服用。肾小球滤过率低于30ml/min者和尿路感染者不用，因可引起转移性软组织钙化和感染性结石。
(2)肠源性高草酸尿：可用氢氧化镁或氧化镁。消胆胺可纠正肠吸收脂肪不良，但不能持续抑制吸收草酸。
(3)低尿枸橼酸性含钙肾结石：用法为每日3～6g，分三次服用。部分患者可有轻度胃肠道反应，肾功能不全者慎用。
(4)尿酸结石：枸橼酸钾临床首选，剂量为30～60mmol/d。若同时有血尿酸增高，宜加服别嘌呤醇，控制血尿酸浓度后即改为维持量。
(5)胱氨酸尿和胱氨酸结石：在保证充分饮水(常>3L/d)和碱化尿液(pH>7.5)治疗无效时，可应用D-青霉胺治疗，每日1～2g，分次服用。α-巯基丙烯甘氨酸的作用机制与D-青霉胺相似，而副作用较小。
(6)感染性结石：长期有效地控制尿路感染，能限制感染性结石的形成，甚至使某些已形成的结石溶解。但由于结石内抗生素浓度较低，细菌不能被完全杀灭，因此单纯抗菌治疗很难使尿路感染完全治愈。
